無法找到文件源從主.R文件進行編織時.rmd

Question

比方說，我有一個名爲testknit項目目錄（而我呢，看到github爲MRE），並且這裏面我有幾個子目錄，包括scripts我在那裏保留.R和.rmd文件。

在RStudio中，我創建了一個項目並選擇了這個目錄，這樣當我打開該項目時，工作目錄是mypath/testknit。我有一個master.R文件。如果我想源文件testsource1.R，也在testknit/scripts，我可以從master.R內運行source("scripts/testsource1.R")。

library(knitr) 
getwd() 
# [1] "mypath/testknit" 
source("scripts/testsource1.R") 

到目前爲止好。

但是，讓我們假設我也想編織一個名爲test.rmd的.rmd文件，它位於testknit/scripts。我可以從master.R運行knit("scripts/test.rmd")。

我test.rmd文件執行下列操作：

```{r setup} 
    library(knitr) 
    opts_knit$set(root.dir='../') 
``` 

```{r option1} 
    source("scripts/testsource2.R") 
``` 

```{r option2} 
    source("testsource2.R") 
``` 

由於test.rmd內testknit/scripts存在，我在第一小盤指定opts_knit$set(root.dir='../')所以knitr知道我的根目錄是真正的一個級別。

當我在RStudio中打開test.rmd並單擊knit HTML時，可以預見，option1塊和option2塊不會。

但是當我嘗試從master.R而不是編織從.rmd文件內運行knit("scripts/test.rmd")編織test.rmd，既不塊選項的作用。兩者都返回一個錯誤，即沒有該名稱的文件。

我在做什麼錯？爲什麼在編織.R的.rmd文件時找不到testsource2.R？

請參閱上面的github鏈接以獲取可重現的示例。

更新：

正如我在下面的評論指出，我嘗試了opts_knit$set之前加入wd <- getwd()，改變(root.dir='../')到(root.dir=wd)。所以當我從master.R運行knit("scripts/test.rmd")時，option2塊會運行，因爲我添加的wd設置爲mypath/testknit/scripts。但是，如果我打開.rmd文件並運行所有塊，則將wd設置爲根目錄mypath/testknit，並運行option1塊。

我需要工作目錄保持項目根目錄。這似乎並不像一個優雅的解決方案給我，但改變：

```{r setup} 
    library(knitr) 
    opts_knit$set(root.dir='../') 
``` 

到

```{r setup} 
    library(knitr) 
    wd <- ifelse(basename(getwd())=="scripts", 
       gsub("/scripts", "", getwd()), 
       getwd()) 
    opts_knit$set(root.dir=wd) 
``` 

讓我在.rmd文件或從master.Rknit("scripts/test.rmd")時運行的所有數據塊。它有效，但感覺就像我採取了錯誤的做法。

Answer 1

@易輝：也許你可以用normalizePath('../')製作../絕對路徑。一個相對的工作目錄可能會引起混淆（至少在閱讀了太多的相對路徑之後，我的頭部會受到傷害:)。順便說一句，當您在RStudio中編織HTML時，RStudio會首先將工作目錄更改爲輸入Rmd文件。

我：是的！僅使用opts_knit$set(root.dir=normalizePath('../'))適用於編織master.R的.rmd文件，並編織爲html或運行.rmd內的所有塊。我更新了github example。 test-b.rmd現在顯示這一點。謝謝！