knitr從用戶環境中繼承變量，即使使用envir = new.env（）

Question

我發現knitr文檔會繼承用戶環境中的變量，即使提供了參數envir = new.env()也是如此。我怎樣才能防止它繼承這些變量？

舉例來說，假設我用一個不存在（y）可變寫了一個簡單.Rmd文件，針織它，並顯示結果文件：

library(knitr) 
writeLines(c("```{r}", "y + 1", "```"), "test.Rmd") 
knit("test.Rmd", quiet = TRUE, envir = new.env()) 
# [1] "test.md" 
cat(readLines("test.md"), sep = "\n") 
# 
# ```r 
# y + 1 
# #> Error in eval(expr, envir, enclos): object 'y' not found 
# ``` 

當然，我得到一個錯誤y變量不存在，就像我應該那樣。

但是，如果我再在自己的環境中定義y，我覺得我現在可以參考y在.Rmd文件，即使我給envir = new.env()說法。

y <- 3 
knit("test.Rmd", quiet = TRUE, envir = new.env()) 
# [1] "test.md" 
cat(readLines("test.md"), sep = "\n") 
# 
# ```r 
# y + 1 
# # [1] 4 
# ``` 

我的理解是envir = new.env()應該引起一個新的環境，而y變量進行評估的knitr文件。這是一個問題，因爲它允許knitr文檔不可重現，指的是文檔中未定義的變量。

注意，rmarkdown renderdocumentation（這大約是knit包裝）明確說，你可以使用envir = new.env()：

其中的代碼塊是編織過程中進行評估（可使用new.env環境（）來保證一個空的新環境）。

但是，出於同樣的原因，render顯示與上述相同的行爲。我的期望（和rmarkdown文檔）是否對於envir = new.env()錯誤，或者我使用不正確？還有另外一種方法可以保證正在編織文件的新環境？

Answer 1

new.env has a parent argument其默認值爲parent.frame() - 即呼叫者。換句話說，您的新環境繼承了當前環境中的所有內容。

您可以通過指定parent避免這種情況：

new.env(parent = baseenv()) 

或者，如果你要繼承裝包：

new.env(parent = as.environment(2)) 

而且，是的，render文檔是有點誤導：當new.env()提供一個新的空白環境，它並不完全與調用者分離，調用者可能幾乎從不想僅使用new.env()。

爲了能夠在從baseenv()繼承的乾淨環境中使用軟件包，需要手動實現軟件包附件機制，因爲R軟件包本身不支持環境隔離（grrr！）。或者你使用「modules」 package，它支持本地連接的包：

```{r} 
modules::import_package('ggplot2', attach = TRUE) 
qplot(rnorm(10)) 
``` 

的attach = TRUE參數會導致包在本地連接，不像library。

這裏的「modules」 package loading code的精簡版本，可以被使用：

require_namespace = function (package) { 
    ns = .Internal(getRegisteredNamespace(package)) 
    if (is.null(ns)) 
     ns = tryCatch(loadNamespace(package), error = identity) 

    ns 
} 

exhibit_package_namespace = function (namespace, name, parent, export_list) { 
    structure(list2env(sapply(export_list, getExportedValue, ns = namespace, 
           simplify = FALSE), 
         parent = parent.env(parent)), 
       name = paste('package', name, sep = ':'), 
       path = getNamespaceInfo(namespace, 'path')) 
} 

library_local = function (package, parent = parent.frame()) { 
    pkg_ns = require_namespace(package) 
    if (inherits(pkg_ns, 'error')) 
     stop('Unable to load package ', sQuote(package), '\n', 
      'Failed with error: ', sQuote(conditionMessage(pkg_ns))) 

    export_list = getNamespaceExports(pkg_ns) 
    pkg_env = exhibit_package_namespace(pkg_ns, package, parent, export_list) 
    parent.env(parent) = pkg_env 
} 

用法：

```{r} 
library_local('ggplot2') 
qplot(rnorm(10)) 
```