2015-01-14 93 views
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我正在嘗試將R大於49,376行和73,625列的大空格分隔文件(14Gb)讀取以供分析。將大文件讀入R

我試過從data.table包使用fread,建議here

我收到錯誤

Error: segfault from C stack overflow 

是否有可能在這裏使用另一種方法?任何其他軟件包或某種解決此錯誤的方法?我的R會話信息如下。

R version 3.0.2 (2013-09-25) 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US  LC_NUMERIC=C   LC_TIME=en_US  
[4] LC_COLLATE=en_US  LC_MONETARY=en_US LC_MESSAGES=en_US 
[7] LC_PAPER=en_US  LC_NAME=C   LC_ADDRESS=C   
[10] LC_TELEPHONE=C  LC_MEASUREMENT=en_US LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] data.table_1.9.4 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] chron_2.3-45 tools_3.0.2 
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您是否使用[1.9.5,當前開發版本](https://github.com/Rdatatable/data.table/wiki/Installation)獲取堆棧溢出?如果是這樣,你能否在那裏提出問題?謝謝。 – Arun

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也許你也可以更新你的R版本到最新版本。 –

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不幸的是,這是在服務器上運行的,我沒有能力安裝新的R版本。開發版本不解決問題。 – user3745089

回答

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由於內存不足導致發生錯誤。一旦我增加了內存限制,fread按預期工作。