從Python調用gawk

我正試圖以這種方式從Python中調用gawk（AWK的GNU實現）。從Python調用gawk

import os 
import string 
import codecs 

ligand_file=open("2WTKA_ab.txt", "r") #Open the receptor.txt file 
ligand_lines=ligand_file.readlines() # Read all the lines into the array 
ligand_lines=map(string.strip, ligand_lines) 
ligand_file.close() 

for i in ligand_lines: 
    os.system (" gawk %s %s"%("'{if ($2==""i"") print $0}'", 'unique_count_a_from_ac.txt'))

我的問題是，「我」不是被它代表的值所代替。值「我」表示是一個整數，而不是一個字符串。我該如何解決這個問題？

來源

2010-03-21 forextremejunk

不要使用'os.system'：改爲使用子進程（請參閱http://docs.python.org/library/subprocess.html）！ – ChristopheD 2010-03-21 00:49:18

你的問題是在引用，在Python中，像"some test "" with quotes"不會給你一個報價。試試這個：

os.system('''gawk '{if ($2=="%s") print $0}' unique_count_a_from_ac.txt''' % i)

來源

2010-03-21 00:47:50 Wolph

謝謝！解決:) – forextremejunk 2010-03-21 00:51:11

這是一個非可移植和雜亂的方式來檢查文件中是否有東西。想象一下你有1000條線路，你將會對gawk進行1000次系統調用。這是超效率的。您正在使用Python，因此請使用Python。

.... 
ligand_file=open("2WTKA_ab.txt", "r") #Open the receptor.txt file 
ligand_lines=ligand_file.readlines() # Read all the lines into the array 
ligand_lines=map(str.strip, ligand_lines) 
ligand_file.close() 
for line in open("unique_count_a_from_ac.txt"): 
    sline=line.strip().split() 
    if sline[1] in ligand_lines: 
     print line.rstrip()

或者你也可以使用這一個班輪，如果Python不是必須的。

gawk 'FNR==NR{a[$0]; next}($2 in a)' 2WTKA_ab.txt unique_count_a_from_ac.txt

來源

2010-03-21 07:41:37 ghostdog74

+1 AMEN！他們不再向學校展示過程創造的成本嗎？！ – 2010-03-21 07:50:32

從Python調用gawk

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