2017-02-02 33 views
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我試圖運行下面的Docker命令,但收到文件未找到錯誤。我已驗證本地文件夾/D/VMs/...包含適當的文件,並且adam-submit命令正常運行。我相信在安裝本地文件夾方面存在一個問題 - 我認爲它將位於碼頭機器的位置/data。對於情況下,我下面使用泊塢窗圖像在http://ampcamp.berkeley.edu/5/exercises/genome-analysis-with-adam.html 教程在https://hub.docker.com/r/heuermh/adam/碼頭掛載錯誤 - 文件未找到

泊塢窗運行:

docker run -v '/D/VMs/hs/adam/data:/data' heuermh/adam adam-submit transform '/data/NA12878.sam' '/data/NA12878.adam'

泊塢運行#2:

docker run -v //d/vms/hs/adam/data:/data heuermh/adam adam-submit transform /data/NA12878.sam /data/NA12878.adam

錯誤:

Exception in thread "main" java.io.FileNotFoundException: Couldn't find any files matching /data/NA12878.sam. If you are trying to glob a directory of Parquet files, you need to glob inside the directory as well (e.g., "glob.me.*.adam/*", instead of "glob.me.*.adam"

回答

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從列出的目錄中,它看起來像是在運行Docker for Windows。它在虛擬機內部運行,映射到容器的文件夾從該虛擬機映射。要從父操作系統映射文件夾,需要首先將其共享到C:/ Users上默認啓用的VM。

如果您使用的是docker-machine,請檢查VirtualBox的設置,否則,請檢查Docker自身的共享文件夾設置並確保包含/ D/VMs。

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我實際上依賴於Docker Toolbox,我希望它的操作方式與您所描述的相同。然而,我嘗試將我的'/ data'文件夾移動到'C:/ users'並運行'docker run -v'/ c/users/data:/ data ...'但無濟於事。 – mongolol

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用戶區分大小寫(這是一個基於Linux的VM),因此請確保您使用用戶而不是用戶。 – BMitch