將OWL本體轉換爲OBO

Question

我需要將OWL本體轉換爲OBO。

我試過這個工具https://github.com/ontodev/robot/但輸出格式根本不正確，只是某些部分。

也是OBO-EDIT2和Protegé，但無法進行轉換。

最後我已經試過這Perl模塊，但是http://search.cpan.org/~easr/它給這個錯誤

未定義的子程序& XML解析器::在叫/usr/local/share/perl/5.14.2/OBO/Parser/OWLParser。 pm行146.

並試圖安裝XML :: Parser總是以錯誤結束。

任何人都可以幫助我轉換本體？

Answer 1

您試過https://github.com/owlcollab/owltools/？

並試圖安裝XML :: Parser總是以錯誤結束。

運行什麼命令來安裝XML :: Parser？那是什麼錯誤？你可以使用相同的命令安裝其他perl模塊嗎？那些需要製造的東西呢？

Answer 2

如果您使用的是OWL API，則OBO是支持的輸出格式之一。將OBODocumentFormat傳遞給saveOntology（）方法已足夠。