在R中關閉read.table連接

我正在運行加載多個文件的腳本。在達到50個加載的文件時，我收到一個錯誤「所有連接正在使用中」。在R中關閉read.table連接

我想我必須關閉連接，但我遇到以下問題。

con = file(paste('/home/rstudio/userstats/',cuserid,'.tsv',sep="")) 
userstats_current = read.table(con, sep="\t", header=0, quote="", stringsAsFactors=F) 
close(con) 
Error in close.connection(con) : invalid connection

如果我鍵入以下然而，一切工作正常：

con = file(paste('/home/rstudio/userstats/',cuserid,'.tsv',sep="")) 
close(con)

應用時，函數read.table做一些事情發生的連接，我怎麼能設法關閉這些連接？

UPDATE

謝謝您的迴應。問題是，當我運行一個foreach循環，即使有一個核心後一段時間我不斷得到這個所有連接錯誤。

registerDoMC(2) 
matrix <- foreach(i=1:nrow(sample), .combine=rbind) %dopar% {....}

來源

2013-05-20 Michael

也許一旦讀取到EOF（文件結束）它會自動關閉？開放的文檔說「在一般情況下，使用連接的函數將打開它們，如果它們沒有打開，但是再次關閉它們，所以要明確地打開一個打開的連接。」 – Frank

而不是顯式創建連接，爲什麼不把文件名傳遞給'read.table'？一般來說，R足夠聰明，可以關閉它自己打開的連接。 –

這適用於1000個文件，所以我懷疑問題在別處（例如，也許在RStudio中？）。 'x < - list（）; for（i in 1：1000）{fn < - paste0（「z」，i）;寫（rnorm（5），fn）; f < - file（fn）; x [[i]] < - read.table（f）}' –

錯誤是由於文件不存在時運行read.table導致的。在多個read.table文件的光盤連接上不存在的請求不會被釋放（不像文件確實存在）。

爲了解決我使用if（file.exists（filename））{read.table（filename）}的問題，並且這似乎解決了問題。謝謝大家幫助我解決這個問題。

來源

2013-05-21 11:53:40 Michael

您可以通過URL（）命令

read.table(url("http://...."),....)

當您嘗試連接，但得到500服務器錯誤就會發生這種情況使得HTTP調用的時候碰上了類似類型的錯誤。在這種情況下，read.table可能無法正確關閉連接。經過這種循環之後，您將累積http CLOSE_WAIT套接字，您可以使用'netstat -a'查看這些套接字，從而導致「所有連接正在使用」錯誤。

對此的解決方案是利用RCurl包進行您的網址連接，這是在這個堆棧溢出問題描述：

堆棧溢出： read data from internet

來源

2014-01-16 23:53:26

在R中關閉read.table連接

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