遍歷bash命令

Question

我需要使用linux bash命令處理我的數據（大約400多個文件）。我試圖找到一種方法來迭代相同的命令到我的所有文件。

這是我的bash命令

cat file1.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > file1_filtered.vcf 

我試圖這樣做，但沒有成功

for f in *.vcf; do echo cat *.vcf | java -jar snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > filtered.vcf; done 

這是基於我得到

Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ 
Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ 
Error: Unable to access jarfile snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ 

Answer 1

錯誤的問題，我會假設你的這個命令有效：

cat file1.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > file1_filtered.vcf 

如果是這樣的話，那麼我們可以分析與所述第二命令的區別：

for f in *.vcf; do echo cat *.vcf | java -jar snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > filtered.vcf; done 

1. 第一命令提供的文件的內容作爲輸入提供給Java腳本。第二個命令提供字符串cat，後跟.vcf文件的名稱作爲java腳本的輸入。

2. java腳本位於不同的位置。

要解決這兩個問題，嘗試：

for f in *.vcf 
do 
    java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" <"$f" > filtered.vcf 
done 

在哪裏我也去掉無用的使用貓。

最後，每當文件被處理時，上述內容將覆蓋filtered.vcf。如果你想要一個文件包含所有結果，那麼請嘗試：

for f in *.vcf 
do 
    java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" <"$f" 
done > filtered.vcf 

Answer 2

你的Java程序似乎是逐行讀取輸入。所以，如果你有沒有興趣在具有每輸入文件一個文件的輸出，你完全可以跳過for循環：

cat *.vcf | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar/ filter " (QUAL >= 30)" > files_filtered.vcf 

這有cat實際上串聯文件，一旦額外的好處。