高音循環使用R foreach

我試圖使用並行R包foreach高音for循環。 out應該是一個三維陣列，我不斷得到一個二維矩陣。一個簡單的例子：高音循環使用R foreach

library(foreach) 
library(doParallel) 

aa <- seq(1,10, length=4) 
bb <- seq(0,1, length=4) 
cc <- seq(0,1, length=4) 

fun <- function(a,b,c){return(a+b-c)} 
out <- array(NaN, dim=c(4,4,4)) 

registerDoParallel() 
out <- foreach(i = aa, .combine='cbind', .multicombine=TRUE) %dopar% { 
    foreach(j = bb, .combine='cbind', .multicombine=TRUE) %:% 
    foreach(k = cc, .combine='c') %dopar% { fun(i, j,k) } 
}

來源

2013-10-10 T_D

問題是cbind正在將矩陣逐列組合成更大的矩陣。您需要的是將矩陣組合爲3-D陣列的功能，例如abind軟件包中的abind功能。因爲它需要一個額外的參數，我定義組合函數爲：

mbind <- function(...) abind(..., along=3)

以下是我會將它用在你的例子：

library(abind) 
library(doParallel) 
registerDoParallel() 
aa <- seq(1,10, length=4) 
bb <- seq(0,1, length=4) 
cc <- seq(0,1, length=4) 

fun <- function(a,b,c) {return(a+b-c)} 
mbind <- function(...) abind(..., along=3) 

out <- 
    foreach(i=aa, .combine='mbind', .multicombine=TRUE) %:% 
    foreach(j=bb, .combine='cbind') %:% 
     foreach(k=cc, .combine='c') %dopar% { 
     fun(i, j, k) 
     }

在Linux和Mac OS X，這整個嵌套循環會變成一個致電mclapply。如果合併結果花費的時間太多，那麼只需按照mrip的建議平行化外環，以便工作人員執行大部分組合。

來源

2013-10-10 22:50:42

將你的答案擴展到四重循環並不是那麼明顯，或者我只是在緩慢。如果您/其他人可以再次幫忙，我會很感激 –

你擁有所有正確的數據，你只需要更改尺寸：如果你想在尺寸使得out[i,j,k] == fun(aa[i],bb[k],cc[k])，那麼你需要置換他們像

dim(out)<-c(4,4,4)

這樣的：

out<-aperm(out,c(3,2,1))

這可以驗證：

out2<-array(0,dim(out)) 
for(i in 1:4) 
    for(j in 1:4) 
    for(k in 1:4) 
     out2[i,j,k]<-fun(aa[i],bb[j],cc[k]) 

identical(out,out2) 
## [1] TRUE

來源

2013-10-10 15:47:47 mrip

謝謝，這有幫助！有關foreach函數的任何提示也將非常棒！無論哪種方式，您的答案是有幫助的！ –

您可能不需要第三個循環中的'％dopar％'。嘗試用'％do％'代替，它可能會更快。通常情況下，最好儘可能粗略地進行並行處理，這樣可以減少在線程中分配任務的時間，並減少實際執行工作的時間。 – mrip

高音循環使用R foreach

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