如何從RDA圖中排除參數

我仍然相對缺乏經驗操縱R中的地塊，並且需要幫助。我使用rda()函數在R中運行冗餘分析，但現在我需要簡化該圖以排除不必要的信息。目前我正在使用的代碼是：如何從RDA圖中排除參數

abio1516<-read.csv("1516 descriptors.csv") 
attach(abio1516) 
bio1516<-read.csv("1516habund.csv") 
attach(bio1516) 
rda1516<-rda(bio1516[,2:18],abio1516[,2:6]) 

anova(rda1516) 
RsquareAdj(rda1516) 
summary(rda1516) 

    varpart(bio1516[,2:18],~Distance_to_source,~Depth, ~Veg._cover, ~Surface_area,data=abio1516) 
plot(rda1516,bty="n",xaxt="n",yaxt="n",main="1516; P=, R^2=", 
    ylab="Driven by , Var explained=",xlab="Driven by , Var explained=")

產生的情節是這樣的：

請幫我修改我的代碼：排除網站（坐＃），所有軸和內部虛線。

我還想擴大字段的大小，或將矢量標籤移動到所有適合繪圖字段。

更新每反應，通過繪製與type = "n"產生一個空的陰謀，你可以添加你想要的東西RDA的工作低於這個點代碼

plot(rda,bty="n",xaxt="n",yaxt="n",type="n",main="xxx",ylab="xxx",xlab="xxx 
Overall best:xxx") 

abline(h=0,v=0,col="white",lwd=3) 
points(rda,display="species",col="blue") 
points(rda,display="cn",col="black") 
text(rda,display="cn",col="black")

來源

2016-04-22 Jesse001

開始。虛線被硬編碼到plot.cca函數中，因此您需要製作自己的版本，或者使用abline來隱藏它們（然後使用box來掩蓋座標軸上的孔）。

require(vegan) 
data(dune, dune.env) 
rda1516 <- rda(dune~., data = dune.env) 

plot(rda1516, type = "n") 
abline(h = 0, v = 0, col = "white", lwd = 3) 
box() 
points(rda1516, display = "species") 
points(rda1516, display = "cn", col = "blue") 
text(rda1516, display = "cn", col = "blue")

如果text標籤不是在正確的位置，你可以使用參數pos移動他們（做一個矢量，只要你有整數箭頭數量1 - 4移動的標籤（有可能有更好的解決方案）

來源

2016-04-22 17:21:38

這真是太好了，謝謝！它解決了我的大部分問題，唯一剩下的就是我無法擺脫軸3或軸4 （上，右）我試過了： axis（4，labels = FALSE，tick =「FALSE」，col =「white」） axis（3，labels = FALSE，tick =「FALSE」，col =「white 「）但它沒有沒有工作。有什麼建議嗎？ – Jesse001

箭頭的比例需要這些軸。當然，如果你真的不想要它們，你可以編輯'points.cca'和'text.cca'的代碼。 –

好點。我將更新上面的代碼以便將來幫助其他人。 – Jesse001

如何從RDA圖中排除參數

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