替換 - 的所有實例。直到A或G或從一個字符串

的兩端T或C因此，例如，如果輸入是：

-------A--GG---CCAAT---A------

輸出應爲：

.......A--GG---CCAAT---A......

我寧願爲此在AWK。替換 - 的所有實例。直到A或G或從一個字符串

來源

2015-07-02 5heikki

你已經嘗試過一些東西嗎？你有一些我們可以從頭開始的例子嗎？你至少應該表明你已經做了一些搜索，否則就容易讓其他人爲你編寫代碼:-) – ndsmyter

我試圖使用^和$和通配符與gsub的各種組合，但它並沒有導致在任何地方，本質上來自：awk'{gsub（/ - /，「。」）;打印}'。如果有人向我展示如何從一端做到這一點，那就好了，所以我可以做到這一點，然後再做一遍。 – 5heikki

這將是一個有點複雜，因爲awk不允許調用與所匹配的字符串的函數，所以你需要手動取出匹配的字符串（l和r），進一步對其進行處理，並更換$0與原來的字符串加上匹配的字符串：

awk '{ 
    if (match($0, /^-*/)) { l = substr($0, 1, RLENGTH); gsub("-", ".", l); $0 = l substr($0, RLENGTH + 1); } 
    if (match($0, /-*$/)) { r = substr($0, RSTART); gsub("-", ".", r); $0 = substr($0, 1, RSTART - 1) r; } 
    print $0; 
}'

或使用gsub再次變異，而不將在$0匹配的字符串：

awk '{ 
    if (match($0, /^-*/)) { l = substr($0, 1, RLENGTH); gsub("-", ".", l); gsub(/^-*/, l, $0); } 
    if (match($0, /-*$/)) { r = substr($0, RSTART); gsub("-", ".", r); gsub(/-*$/, r, $0); } 
    print $0; 
}'

來源

2015-07-02 08:46:19

非常感謝。訣竅是使用我不知道存在的內置變量。 – 5heikki

的確，我剛剛在'awk'手冊中瞭解了這些變量。我在看'match（）'，但是它不返回匹配的字符串。所以我試圖用'RSTART'和'RLENGTH'來重構它。 –

替換 - 的所有實例。直到A或G或從一個字符串

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