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1.4.3平行--pipe到文件

2017-04-05 48 views
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我使用在bash以下命令，該命令寫入從bcftools輸出經由>到所需的文件1.4.3平行--pipe到文件

bcftools reheader -s samples.txt input_file.vcf > output_file.vcf

我想使用平行於多個文件執行此，嘗試下面，但不太工作...

parallel --pipe bcftools reheader -s samples.txt input_file.{}.vcf -f out_file.{}.vcf ::: {01..10}

如何從每個並行進程寫入STDOUT到單個文件？

來源

2017-04-05 user3234810

回答

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如果您的問題是，你要使用>傳遞給GNU命令中的並行，你可以做到這一點通過單一引用命令：

parallel 'doSomething > {}.log' ::: a b c

或逃避：

parallel doSomething \> {}.log ::: a b c

來源

2017-04-05 12:38:32

+1

但也試試：parallel --results mydir bcftools reheader -s samples.txt input_file。{}。vcf -f out_file。{}。vcf ::: {01..10} –

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