熱圖中的邊框單元

我想在R中使用相關矩陣和p值矩陣構造熱圖。熱圖中的邊框單元

我使用這個tutorial來構建沒有問題的熱圖。它完美的作品。我甚至可以在右邊的單元格中引入來自第二個矩陣（p值矩陣）的一些值。
但是，當我嘗試突出顯示相應的單元格時，它不起作用。我使用這個code來生成邊框。我將RStudio v0.97與包gplots，RColorBrewer一起使用。的代碼是：

library(gplots) 
library(RColorBrewer) 

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n = 299) 

nx = 5 
ny = 10 

mat1 <- matrix(rnorm(nx*ny,100,50),nx,ny) 
mat2 <- mat1>150 #matrix used for the example instead of the p value matrix 

makeRects <- function(tfMat,border){ 
    cAbove = expand.grid(1:nx,1:ny)[tfMat,] 
    xl=cAbove[,1]-0.49 
    yb=cAbove[,2]-0.49 
    xr=cAbove[,1]+0.49 
    yt=cAbove[,2]+0.49 
    rect(xl,yb,xr,yt,border=border,lwd=3) 
}   #this is the function to make the rectangles/borders 
heatmap.2(mat1, 
     Rowv = FALSE,   # don't reorganize columns 
     cellnote = mat2,  # check correspondance between rectangles and mat2 values 
     main = "Correlation", # heat map title 
     notecol="black",  # change font color of cell labels to black 
     notecex=0.5,  # change the scaling of the cell labels 
     density.info="none", # turns off density plot inside color legend 
     trace="none",   # turns off trace lines inside the heat map 
     margins =c(12,9),  # widens margins around plot 
     col=my_palette,  # use on color palette defined earlier 
     dendrogram="row",  # don't draw a row dendrogram 
     Colv="NA",   # turn off column clustering 
     add.expr = {makeRects(mat2,"black")}) #add the borders

我覺得有什麼不對或者與makeRects功能，或通過heatmap.2功能行的重新排序。矩形出現在熱圖中，但它們不在正確的位置。我一整天都在撓頭，卻沒有發現什麼是錯的。

有什麼建議嗎？

來源

2014-01-23 user2617763

如果您包含一些人員運行代碼的示例數據，並且您還應該指定運行代碼所需的任何包，這將會很有幫助。例如，

library(gplots) 
library(Hmisc) 

x <- matrix(rnorm(100), ncol = 5) 
y <- matrix(rnorm(100), ncol = 5) 
keep <- rcorr(x, y) 
matrr <- keep$r 
matrp <- keep$P

在你makeRects()功能您參考nx和ny，但他們從來沒有定義。

在您致電heatmap.2()時，請參閱matrl，但它從未定義過。

如果您將這三個對象的定義添加到您的問題中，我們可能能夠解決您的繪圖問題。

來源

2014-01-24 15:07:55

感謝您的回答。我編輯了我的帖子，以增加對所使用的變量和包的清晰度。由於我不理解的原因，heatmap.2似乎改變了熱圖的方向，這會混淆makeRects函數。當我使用熱圖功能時，它可以工作（但我不能擁有我想要的選項）... – user2617763

「Rowv = FALSE」後我錯過了一個逗號（我爲此提交了一個編輯）。如果你根本不想要樹狀圖，你應該設置'dendrogram =「none」'。如果'heatmap.2（）'改變方向，轉置你給它的矩陣，'mat1t = t（mat1）'和'mat2t = t（mat2）'，然後'mat1t'和'mat2t'提供給'在代碼中使用heatmap.2（）'和'makeRects（）'函數。 –

我不想轉置我的主矩陣，因爲我喜歡它的方向。我嘗試轉置次矩陣，但它也沒有工作。最後我通過顛倒次矩陣來得到它：'rmat2 < - apply（mat2，2，rev）'，然後轉置它：'trmat2 < - t（rmat2）'。它終於得到了一切正確的順序，雖然我不知道如何以及爲什麼...... – user2617763

熱圖中的邊框單元

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