R：系統（）不能使用.bashrc中定義的bash函數

Question

問題

我的默認的Python 2.7，但我有需要Python 3.4的腳本。我想R中創建一個函數，將：

1. 切換到Python 3.4
2. 運行此腳本
3. 切換回Python 2.7版
4. 導入結果爲R

要在Python版本之間切換，我使用我的羣集的「dotkit」系統，如下所示：

use Python-2.7 
use Python-3.4 

「use」是一個在我的.bashrc文件中導入的bash函數。它設置了我所有的路徑變量（PATH，LIBRARY_PATH，LD_LIBRARY_PATH，CPATH，C_INCLUDE_PATH等）。問題是，當我嘗試調用R中這個功能，我得到以下錯誤：

system('use Python-3.4') 
sh: use: command not found 

看起來這是我路上的問題。我正在使用正確的外殼：

system('echo $SHELL') 
/bin/bash 

我的$ PATH變量也看起來不錯。然而，當我創建一個腳本，基本上做同樣的事情：

load_py34.sh：

#!/bin/bash 
source ~/.bashrc 
use Python-3.4 

和過R調用這個腳本，那麼它實際運行，但由於某些原因，它不在R改變我的Python版本（我已經驗證了這個腳本的命令行工作。）

> R 
> system('python --version') 
Python 2.7.1 
> system('sh load_py34.sh') 
Prepending: R-3.4 (ok) 
> system('python --version') 
Python 2.7.1 

所以我有點困惑，但如果有人能幫助，我將不勝感激。

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建議的修復

當我將它們合併成一個單一的命令，我仍然有同樣的問題：

> system("sh load_py34.sh; python --version") 
Prepending: Python-3.4 (already loaded) 
Python 2.7.1 

當我嘗試直接調用bash中，我仍然有一個問題與路徑：

> system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'") 
bash: use: command not found 
Python 2.7.1 

Answer 1

當您撥打system()它使用/bin/sh，而不是/bin/bash。 sh在啓動時不會讀取您的.bashrc文件，因此它不知道您在那裏定義的任何功能。

要從.bashrc使用該功能，你必須得到bash去運行它：

system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")

編輯：收單引號的位置。