我在Bioconductor上問過這個問題，因爲它是特定於SPIA包的，但沒有收到回覆，所以我在這裏發佈它以覆蓋更廣泛的受衆。SPIA :: spia功能輸出
我使用KEGGREST軟件包下載了134個Malus domestica（'mdm'）路徑，並使用makeSPIAdata（）函數成功製作了spia數據。我想通過這個圖書館來評估兩種不同蘋果的路徑，HoneyCrisp和Cripps Pink。然後，我調用了spia（）函數，完成後它只顯示了10條「完成」的路徑。
長度（dir（mydir））＃包含134個Malus kgml/xml路徑文件的目錄。 [1] 134
在上海浦東機場（），我SPIA輸入向量 '德' 和 '所有' 包含243個獨特的探針，我就拿平均logFC每個探針。該數據集是adj.P.Value < 0.001的topTable limma結果的子集。以下是HoneyCrisp蘋果（HC）的運行。
res<-spia(de=DE_malus_HC, all=entrez_only, organism="mdm", nB = 2000,
pathids = NULL, data.dir="./", combine = 'fisher', plots = TRUE)
Done pathway 1 : RNA transport..
Done pathway 2 : RNA degradation..
Done pathway 3 : MAPK signaling pathway - plant..
Done pathway 4 : Plant hormone signal transduct..
Done pathway 5 : Sulfur relay system..
Done pathway 6 : SNARE interactions in vesicula..
Done pathway 7 : Autophagy..
Done pathway 8 : Protein processing in endoplas..
Done pathway 9 : Plant-pathogen interaction..
Done pathway 10 : Circadian rhythm - plant..>
res[ , -12] #Showing RES for HoneyCrisp Apples
Name ID pSize NDE pNDE tA pPERT pG pGFdr pGFWER
Status
1 MAPK signaling pathway - plant 04016 4 4 1
24.29737166 0.160 0.4532130 1 1 Activated
2 Plant hormone signal transduction 04075 14 14 1
11.93279398 0.292 0.6514524 1 1 Activated
3 Circadian rhythm - plant 04712 3 3 1
9.17881852 0.440 0.8Activated
4 Plant-pathogen interaction 04626 2 2 1
0.02234003 0.987 0.9999151 1 1 Activated
5 Protein processing in endoplasmic reticulum 04141 1 1 1
0.00000000 NA 1.0000000 1 1 Inhibited
然後我用了「MDM」圖書館評估DE設置克里普斯粉色（CP）蘋果...
res<-spia(de=DE_malus_CP, all=entrez_only_CP, organism="mdm", nB = 2000,
pathids = NULL, data.dir="./", plots = TRUE)
Done pathway 1 : RNA transport..
Done pathway 2 : RNA degradation..
Done pathway 3 : MAPK signaling pathway - plant..
Done pathway 4 : Plant hormone signal transduct..
Done pathway 5 : Sulfur relay system..
Done pathway 6 : SNARE interactions in vesicula..
Done pathway 7 : Autophagy..
Done pathway 8 : Protein processing in endoplas..
Done pathway 9 : Plant-pathogen interaction..
Done pathway 10 : Circadian rhythm - plant..>
res[, -12]
Name ID pSize NDE pNDE tA pPERT pG pGFdr pGFWER Status
1 Plant hormone signal transduction 04075 4 4 1 -0.4086641 0.812
0.981103 1 1 Inhibited
2 Protein processing in endoplasmic reticulum 04141 1 1 1
0.0000000 NA 1.000000 1 1 Inhibited
雖然這些結果是令人興奮的，我有一些問題，以確保這個輸出是正確的：
1）什麼是打印的'完成'路徑列表，爲什麼它只打印10個路徑而不是全部134個路徑？ 2）對於HC和CP結果中的內質網中的蛋白質加工，爲什麼該通路在列表中，儘管pPERT ='NA'。那麼，爲什麼其他的「完成」途徑（例如RNA運輸，RNA降解，自噬......）不會顯示在res輸出中？如果tA = 0，pG = 1且pPERT ='NA'，這種蛋白質在內質網途徑中的處理是否被認爲是顯着的？ 3）我沒有想到pSize和NDE是相等的，所以所有的pNDE都等於1 ...爲什麼pSize和NDE是相同的值？
4）243 HC DE探針數據集的倍數變化值範圍從+3.25到-4.38。由於我從基因探針組開始，其形式爲adj.P.Value < 0.001，我將nB值降爲100，但結果與我使用nB = 2000時相同。當我在127個CP DE探測數據集上執行此操作時也是如此。爲什麼是這樣？
感謝您閱讀本文，因爲我試圖在簡潔的同時提供儘可能多的信息。我試圖更詳細地瞭解這個SPIA軟件包，它比vignette和ref手冊中的解釋更詳細。
希望能儘快收到您的消息。
謝謝，
富蘭克林