單元之間的AWK間隙

我有一個問題，請你能幫助我嗎？我有.txt文件我使用awk代碼來使用製表符分隔函數分隔列。我收到對齊列，但是如果缺少一些信息，則整行將向左轉，並且信息會轉移到另一列。請你能幫助我嗎？我怎麼能納入這個代碼？謝謝你這麼多..單元之間的AWK間隙

#!/bin/bash 

for f 
in *.vcf; 
do awk 'BEGIN {OFS = "\t"} 
     /^##/ {next} 
     /^#/ {sub(/^#/,"",$1)} 
     {$1=$1; print} 
    ' "$f" > "${f/%vcf/tsv}" 
done 


> INPUT: 
> 
> CHROM ID REF ALT 
    chr1 235  A  B 
    chr2  A  B 
    chr3 225  B

OUTPUT：

CHROM ID REF ALT 
    chr1 235 A  B 
    chr2  .  A  B 
    chr3 225 .  B

來源

2013-10-21 Vonton

列是如何對齊的？你能發佈樣本數據嗎？ –

您可以檢查字段數（NF）是否等於預期值，否則跳過該行。 –

btw，腳本來自http://stackoverflow.com/a/19451399/1983854 – fedorqui

問題包含歧義。縱觀數據：

chr1 235  A  B 
chr2  A  B 
chr3 225  B

也許chr2行中，我們可以猜測ID列缺，因爲ID s爲數字。我們錯過了一列，它是數字，所以它必須是ID。

但在第三行中，我們如何知道REF列已丟失，而不是？如果永遠不會丟失，那很簡單。但是，如果任何一方都可能失蹤，這可能是不可能的。

在任何情況下，在編寫程序代碼以將數據重新歸一化爲正確的列之前，必須能夠明確規定識別哪些列丟失的規則，否則認識到這是不可能的並放棄。

您可能只需要上游並找到沒有冗餘列的相同數據的更好來源。

來源

2013-10-24 07:07:30 Kaz

ALT永遠不會丟失 – Vonton

單元之間的AWK間隙

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