2017-07-14 88 views
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我是NiBabel的新人。我想知道如何從這個庫中獲得Nifti圖像的強度矩陣。我使用下面的腳本來獲得體素:如何用Nibabel從Nifti圖像中獲取圖像強度矩陣?

import nibabel as ni 
example_img = ni.load('myImage.nii') 

data = example_img.get_data() 

我想在這些數據中包含的體素的強度開始,但是當我打印了,我已經看到了負值,這似乎很奇怪有負圖像中的強度,你不覺得嗎? 我需要在nifti圖像中獲取體素的強度,是否可能與nibabel?如果沒有,你能否提出其他解決方案?謝謝。

回答

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不知道你是如何得到負的體素值,但這裏顯示NifTi圖像作爲矩陣的方式:

import nibabel as ni 
img = ni.load('myImage.nii') 

data = example_img.get_data() 

mat = [] 

for i in range(img.shape[0]): 
    plane = [] 
    for j in range(img.shape[1]): 
    row = [] 
    for k in range(img.shape[2]): 
     row.append(data[i][j][k]) 
    plane.append(row) 
    mat.append(plane) 

現在,你可以在文本打印/存儲文件中的變量「墊」。