保存輸出到文件

我已經開始與爆炸結果的文件和打印出來FASTA格式的點擊屏幕。保存輸出到文件

的代碼看起來是這樣的：

result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml") 

from Bio.Blast import NCBIXML 
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle) 
blast_record = blast_records.next() 
for alignment in blast_record.alignments: 
    for hsp in alignment.hsps: 
     print '>', alignment.title 
     print hsp.sbjct

這種輸出的FASTA文件在屏幕上的列表。但我怎樣才能創建一個文件並保存fasta輸出到這個文件？

更新：我想我將不得不更換something.write（）循環內的打印報表，但如何將「>」，alignment.title我們寫的？

來源

2009-11-05 Jon

首先，創建一個文件對象：

f = open("myfile.txt", "w") # Use "a" instead of "w" to append to file

可以打印到文件對象：

print >> f, '>', alignment.title 
print >> f, hsp.sbjct

或者你可以寫入：

f.write('> %s\n' % (alignment.title,)) 
f.write('%s\n' % (hsp.sbjct,))

然後，您可以關閉它是好的：

f.close()

來源

2009-11-05 22:59:03 truppo

所有操作包裹着試試......終於，以確保文件將被正確關閉 – barbuza

在一個長期運行的進程，是的，在一個簡單的腳本它不事關爲腳本退出時的文件將被關閉。 – truppo

一般有兩種方法。蟒蛇之外：

python your_program.py >output_file.txt

或者Python的內部：

out = open("output_file.txt", "w") 
for alignment in blast_record.alignments: 
    for hsp in alignment.hsps: 
     print >>out, '>', alignment.title 
     print >>out, hsp.sbjct 
out.close()

來源

2009-11-05 23:00:35

像這樣的事情

with open("thefile.txt","w") as f 
    for alignment in blast_record.alignments: 
    for hsp in alignment.hsps: 
     f.write(">%s\n"%alignment.title) 
     f.write(hsp.sbjct+"\n")

不喜歡使用print >>因爲不會在Python3

工作了

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2009-11-05 23:06:42

可以使用with statement，確保文件將被關閉

或使用try ... finally

outfile = open('/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml', 'w') 
try: 
    from Bio.Blast import NCBIXML 
    blast_records = NCBIXML.parse(result_handle) 
    blast_record = blast_records.next() 
    for alignment in blast_record.alignments: 
     for hsp in alignment.hsps: 
      outfile.write('>%s\n%s\n' % (alignment.title, hsp.sbjct)) 
finally: 
    outfile.close()

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2009-11-05 23:08:04 barbuza

出於某種原因上面貼由OP代碼並沒有爲我工作。我修改了一下打開文件後應

from Bio.Blast import NCBIXML 
f = open('result.txt','w') 
for record in NCBIXML.parse(open("file.xml")) : 
    for alignment in record.alignments: 
     for hsp in alignment.hsps: 
      f.write(">%s\n"%alignment.title) 
      f.write(hsp.sbjct+"\n")

來源

2014-02-06 10:08:32 user3224522

保存輸出到文件

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