2015-03-13 83 views
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String s="CCATGTTGGCCTAGGTGACAC"; 

我想從上面的DNA序列中找到開放閱讀框。首先,我必須找出是否存在作爲子字符串的「ATG」。如果有,那麼我必須找出是否存在這些子串中的任何一個「TAA」,「TAG」,「TGA」。在這三個子串中,首先要考慮,然後從「ATG」到「TAA」或「TAG」或「TGA」中的任何一個首先打印字符串。 從上面的字符串輸出應該是「ATG TTGGCC TAG」。查找哪個子字符串第一個出現,哪個出現第二個,哪個出現第三個

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目前還不清楚你想才達到的。測試數據「垃圾」'「ddddeeaxgghnnnbykkkkkklllllczfr」'完全無助於理解您的問題。有沒有機會在你試圖解決問題的地方看到你的代碼? – 2015-03-13 13:36:31

回答

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你可以得到每個子的指數..

System.out.println(s.indexOf("ax")); 

的一個,其指數是最低是誰至上的人。

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String testString = "ddddeeaxgghnnnbykkkkkklllllczfr"; 


    String[] frags = testString.split("(ax|by|cz)"); 
    if(frags.length >= 1) { 
     System.out.println("first=" + frags[0]); 
     if(frags.length >= 2) { 
      System.out.println("second=" + frags[1]); 
      if(frags.length >= 3) { 
       System.out.println("third=" + frags[2]); 
      } 
     } 
    } else { 
     System.out.println("nothing found"); 
    } 

它打印:

第一= ddddee
第二= gghnnn
第三= kkkkkklllll

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