這個Perl子程序有什麼問題？

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我想實現一個計算輸入字符串的d鄰居的子例程。這是planted motif search的實現的一部分，但我的問題更一般。下面是代碼：這個Perl子程序有什麼問題？

#subroutine for generating d-neighbors 
sub generate_d_neighbors{ 
    # $sequence is the sequence to generate d-neighbors from 
    # $HD is the Hamming Distance 
    my ($sequence, $HD) = @_; 

    for(my $i = 0; $i=$HD; $i++){ 
     my @l = ['A', 'C', 'T', 'G']; 
     my @t = splice(@l,$sequence[$i]); 
     #TODO 
    } 
}

錯誤在最後一行出現，說：

Global symbol "@sequence" requires explicit package name (did you forget to declare "my @sequence"?

這是我的理解是，Perl不帶參數的形式subroutine(param1, param2)象Java例如，但爲什麼$sequence未被識別爲已經被初始化？

來源

2017-04-21 Kyle Weise

你使用'$序列[0 ]'，但是你還沒有聲明'@ sequence'。在Perl中，'$ sequence'和'@ sequence'是兩個不同的變量 –

另外，賦值'$ i = $ HD'可能不是你的意思。通常有一些比較去那裏。 –

'$ sequence [0]'是您如何訪問名爲'@ sequence'的數組的元素。 Perl正確地注意到它不知道任何關於名爲'@ sequence'的變量。你可能會傳遞一個數組引用*，它應該使用解引用箭頭來訪問：'$ sequence - > [0]' –

像你想

，而不是

$sequence[0].

在Perl中，字符串是第一類變量，而不是一個類型的數組在我看來。

或者你想要splice(@l, $sequence->[0])？

來源

2017-04-21 14:43:26 ysth

哎呀，只是編輯了這個問題。意思是'$ i'而不是0 –

有一些問題與您的代碼：

sub generate_d_neighbors{ 
    my ($sequence, $HD) = @_; 

    for(my $i = 0; $i=$HD; $i++){ 
     my @l = ['A', 'C', 'T', 'G']; 
     my @t = splice(@l,$sequence[$i]); 
    } 
}

首先，讓我們來看看

for(my $i = 0; $i=$HD; $i++){

假設$HD是非零值，這個循環不會終止，因爲條件將永遠是假的。如果您希望$i的範圍從0到$HD，那麼將該語句寫爲for my $i (0 .. $HD)會更好。

其次，你必須

 my @t = splice(@l,$sequence[$i]);

，你似乎認爲有一個數組@sequence和您要訪問它的第一個元素。但是，$sequence是對數組的引用。因此，你應該使用

$sequence->[$i]

三（感謝@Ikegami），您在for -loop的身體有

 my @l = ['A', 'C', 'T', 'G'];

。然後@l將包含單個元素，對包含元素'A','C','T'和'G'的匿名數組的引用。相反，使用：

my @l = qw(A C T G);

我不知道你想達到與splice(@l, $sequence->[$i])到底是什麼，但可以更好地寫爲：

my @t = @l[0 .. ($sequence->[$i] - 1)];

事實上，你可以在兩個賦值減少到：

my @t = qw(A C T G)[0 .. ($sequence->[$i] - 1)];

來源

2017-04-21 14:51:21

@ikegami謝謝你指出這些。我不確定在原始代碼片段中使用「拼接」是否是OP的目標，但是將其作爲面值，我試圖引入您的反饋。 –

拼接線旨在移除當前位置的基部。例如，'$ sequence =「ATG」;'和'$ HD = 1;'在位置0，我想刪除'A'，並且只剩下'C T G'。類似地，對於位置1，刪除'T'並留下'A C G'等。 –

因此，'$ sequence'是簡單的標量還是對數組的引用？ –

這個列表賦值語法：

my (@sequence, $HD) = @_;

不會做你想做的事（把最後一個參數放在$HD，其餘的放在@sequence）。數組總是接受它所能提供的所有參數，而不會留下任何後面的參數。

顛倒順序可以正常工作，對於情況下，只有一個數組：

my ($HD, @sequence) = @_;

和您在主叫方的相應變化。

更普遍解決這一問題，請參考：

my ($sequence, $HD) = @_;

，並呼籲像這樣子：

generate_d_neighbors(\@foo, $bar);

或本：

# Note the brackets, which make an array reference, unlike parentheses 
# which would result in a flat list. 
generate_d_neighbors([...], 42);

如果使用原型：

sub generate_d_neighbors (\@$)

然後調用者可以說

generate_d_neighbors(@foo, $bar);

和@foo自動成爲參考，就好像它已經\@foo。

如果你使用任何基於參考的解決方案，你必須改變函數體使用$sequence，而不是@sequence，遵循以下規則：

變化@sequence到@$sequence
變化$#sequence到$#$sequence
變化$sequence[...]到$sequence->[...]
變化@sequence[...]到@$sequence[...]（但要確保你真的打算使用數組切片...如果你是新的perl的，你可能不是故意的，而且應該用$sequence[...]代替）

來源

2017-04-21 15:03:09

這個Perl子程序有什麼問題？

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