2016-05-12 31 views
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我一直在使用scipy.sparse.linalg.eigs在一些大型的矩陣,並不意外,它需要一段時間。所以,我一直在尋找加快速度的方法。我的理解是,在底層,scipy代碼使用ARPACK,並且有一個使用MPI的並行版本的ARPACK。是否有可能讓scipy使用並行版本的ARPACK而沒有太多的痛苦?如果是這樣,怎麼樣?我可以在scipy中使用並行ARPACK嗎?

(我要指出,MATLAB等效eigs的似乎是多線程的,這樣可能是最痛苦的選擇。)

回答

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這似乎是ARPACK的(MPI-)水貨版本是完全不同項目稱爲PARPACK

「的ARPACK庫的並行版本是現在菱當前支持的 消息傳遞層是BLACS和MPI 並行ARPACK(PARPACK)被提供作爲擴展到當前 ARPACK。庫(版本2.1)「。

你看過PETsc4py? 或者甚至

「探索調用並行稀疏線性代數庫像尖點或Python的 cuSPARSE如果速度是你的關心,你有一個NVIDIA GPU 。」

(見this answer

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