awk if-then-else語句錯誤

我正在使用awk在bash腳本中編寫if-then-else語句。awk if-then-else語句錯誤

我想要做的是標識col 1值與特定字符串（rs或chr）不匹配的行，併爲這些標識行的col 1值附加前綴（chr）。所有具有匹配字符串的行應該按原樣打印 - 不附加。

我的代碼行至今：

awk '{if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)) {($1 == "chr"$1); print $0}}; else {print $0}' filename > newfilename

我不斷收到與此代碼的語法錯誤消息。

我可以自己完成識別和附加功能，但在將它們組合成一個命令時遇到問題。

來源

2015-08-24 Bob

' （$ 1 ==「chr」$ 1）'是一個條件，而不是一個賦值。使用單個等號進行分配。 – karakfa

用慣用的awk你可以重寫這個作爲

awk '$1!~/rs/ && $1!~/chr/ {$1="chr"$1}1'

，或者如果你喜歡

awk '!($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) {$1="chr"$1}1'

，或等效

awk '!(/^rs/ || /^chr/) {$1="chr"$1}1'

你能避免分配，因爲沒有進一步的行動除了用

打印

awk '!(/^rs/ || /^chr/) {print "chr"$0;next}1'

來源

2015-08-24 15:04:35 karakfa

謝謝！我使用了第二個選項，這是一種享受！ – Bob

小心 - '$ 1！〜/ rs/&& $ 1！〜/ chr /'不等於'！（$ 1〜/ rs/||/chr /）'，也不是'！$ 1〜/ rs/||/chr /）''相當於'！（/^rs/||/^ chr /）'，'print'chr「$ 0'不等於'$ 1 =」chr「$ 1; print'。 –

我假設第二個選項的意思是'！（$ 1〜/ rs/|| $ 1〜/ chr /）'？ – jas

有時，在多行寫代碼可以幫助你發現錯誤：

'{ 
    if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)) { 
     ($1 == "chr"$1); 
     print $0 
    } 
}; 
else {print $0}'

您將看到else超出了{...}

繼續與您的代碼，這將修復問題：

'{ 
    if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)) { 
     ($1 == "chr"$1); 
     print $0 
    }else 
     print $0 
}'

對於代碼改進，請檢查karakra的答案。

來源

2015-08-24 15:12:25 Kent

爲語法正確的編寫代碼的方法是：

awk '!($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) {$1="chr"$1} 1' filename > newfilename

，但是要注意的是，分配可能會在文件中改變空格所以你可能真正想要的是：

awk '!($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) {sub(/^[[:space:]]*/,"&chr")} 1' filename > newfilename

來源

2015-08-24 16:58:16

awk if-then-else語句錯誤

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