2012-03-19 114 views
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我在biotoolbox包中運行了一個perl腳本(http://code.google.com/p/biotoolbox/) ,但得到了與jarfile相關的錯誤消息。無法訪問jarfile

$./bar2wig.pl 

This program will convert bar files to a wig file 
Usage: 
bar2wig.pl [--options...] <filename> 

    Options: 
    --in <filename> or <directory> 
    --out <filename> 

$ ./bar2wig.pl --in /Users/biotoolbox/scripts/ --out example 

This program will convert bar files to a wig file 
checking input file(s).... 
converting to gr files... 
Unable to access jarfile /usr/local/USeq/Apps/Bar2Gr 
writing wig file... 
cleaning up temp files... done 

我不知道該怎麼辦的錯誤:無法訪問jarfile。 它看起來像java相關的錯誤,雖然這個腳本是perl。

對此有何評論?

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這很可能反過來應用可能使用Java JAR文件,以完成這項工作中。您是否遵循http://code.google.com/p/biotoolbox/wiki/BioToolBoxSetUp中列出的整個設置步驟 – 2012-03-19 16:57:47

回答

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是的,顯然它找不到jarfile。閱讀jar上的Wiki條目,但足以說它只是一個可移植的java文件包。

你將需要下載jar文件,並確定它位於哪裏的配置文件biotoolbox.cfg