foreach循環不返回預期結果

我在下面編寫了一個腳本來分析bedtools（-tab選項，-name選項）中的兩種文件格式，以便在序列匹配時組合標題。我遇到的問題是，如果序列與多個名稱匹配，它只會打印與其對應的名稱之一。我想知道是否有人提出瞭如何解決這個問題的建議。因爲我想要序列和名字的位置。是否有牀墊選項？foreach循環不返回預期結果

我的腳本將這兩個文件存儲到它們自己的散列中，然後通過它們循環，如果它們相等，則假設打印出具有適當名稱的序列中的匹配項。它這樣做，但如果多個序列對應於名稱，它不會出錯，它只是不打印它們。所以我的結論是，foreach循環以某種形式失敗的語法明智，我沒有注意到。有什麼建議麼？乾杯。

採樣數據：-name輸出bedtools

 >sequence_a 
    AGGT 
    >sequence_b 
    AAAA 
    >sequence_c 
    CCCC 
    >sequence_d 
    AAAA

採樣數據：-Tab輸出bedtools

>1-5 
    AAAA 
    >10-14 
    ACCT 
    >15-19 
    CCCC

從腳本預期輸出

>sequence_b|1-5 
    AAAA 
    >sequence_c|15-19 
    CCCC 
    >sequence_d|1-5 
    AAAA

腳本

my %sequence; 

open(NAMES_FILE, $ARGV[0]) or die "Cannot open the file: $!"; 
my $hash_key_name; 
my $hash_value_name; 
while (my $line = <NAMES_FILE>) { 
    if ($line =~ /^>(\S+)/) { 
    $hash_key_name = $1; 
    } 
    elsif ($line =~ /\S/) { 
    chomp $line; 
    $hash_value_name = $line; 
    $sequence{$hash_key_name} = $hash_value_name; 
    } 
} 


my %sequence_2; 
open (POSITIONS_FILE, $ARGV[1]) or die "Cannot open the file: $!"; 
my $hash_key_pos; 
my $hash_value_pos; 
while (my $line2 = <POSITIONS_FILE>) { 
    if ($line2 =~ /^>(\S+)/) { 
    $hash_key_pos = $1; 
    } 
    elsif ($line2 =~ /\S/) { 
    chomp $line2; 
    $hash_value_pos = $line2; 
    $sequence_2{$hash_key_pos} = $hash_value_pos; 
    } 
} 


foreach $hash_key_pos (keys %sequence_2) { 
    foreach $hash_key_name (keys %sequence) { 
     if ($sequence{$hash_key_name} eq $sequence_2{$hash_key_pos}){ 
      print ">$hash_key_name|$hash_key_pos\n$sequence{$hash_key_name}\n"} 
    } 
}

來源

2015-09-02 serious

我會想象你的散列鍵有問題，而不是你的語法。在每個循環中放置打印語句以查看哈希中的內容。特別是在最後一個循環中應該有一個'else'子句，並且當哈希不匹配時會顯示一條警告消息。（我會大幅度重構這段代碼以減少重複次數和減少短暫變量，但這實際上超出了你的問題的範圍，也取決於你想用這段代碼去哪裏。） – tripleee

最後一個循環尤其是效率非常低。如果你有一個像'$ hash {$ key} {「name」}'和$ hash {$ key} {「pos」}''這樣的所有密鑰的頂級散列，它會更加簡單和高效。 – tripleee

我已經有了一個打印語句來檢查散列內容，爲了在這裏發佈我的腳本，我把它拿出來了。我很抱歉。 – serious

哈希將愉快地覆蓋值，只保存最新值，而不會引發錯誤。如果你想抓住這一點，你需要在把一個明確的檢查，看是否哈希有一個值，你覆蓋它之前，是這樣的：

while (my $line = <NAMES_FILE>) { 
     if ($line =~ /^>(\S+)/) { 
      $hash_key_name = $1; 
     } 
     elsif ($line =~ /\S/) { 
      chomp $line; 
      $hash_value_name = $line; 
      if (defined($sequence{$hash_key_name}) && $sequence{$hash_key_name} ne $hash_value_name) { 
       die("multiple sequences match $hash_key_name: $sequence{$hash_key_name}, $hash_value_name"); 
      } 
      $sequence{$hash_key_name} = $hash_value_name; 
     } 
}

話雖這麼說，這將是你最有幫助可以提供產生您想要捕捉的錯誤的示例數據。它看起來好像上面的數據不應該包含這個錯誤。

來源

2015-09-02 04:32:58

由於序列太長，我無法上傳樣本數據。你如何建議我向你展示樣本數據？ – serious

我解決了我的問題！謝謝....我沒有意識到很多數據實際上是重複的......所以它只給了我一個回報......讓它看起來像我錯過了很多！感謝您向我展示如何在出現錯誤時殺死某些東西。（你的格式比我的要好得多） – serious

謝謝。有一本名爲「Modern Perl」的書，現在已經是第二或第三版了，它可以幫助您快速掌握perl編程的最新技術，功能和習慣用法。 –

foreach循環不返回預期結果

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