需要幫助，使我的Python腳本工作

Question

我想寫一個python腳本，可以用來重新格式化一個FASTA文件成兩列，表格分隔的表格，如上圖所示。該腳本應該從命令行取得輸入文件的名稱，並且結果應該轉到STDOUT。

任何幫助將不勝感激！所以這是我到目前爲止：

#/user/bin/env python 
import sys 
import re 
file_object = open(sys.argv[1]) 
for some_line in file_object: 
     if re.search('>', some_line): 
       sys.stdout.write(some_line.strip('\n')+ '\t') 
     else: 
      if re.search('^\w+', some_line): 
          sys.stdout.write(some_line.strip('w') 

預期輸出：

Answer 1

你其他沒有與if語句對應的對齊。無論如何，我建議你如果可以的話可以擺脫重新包裝。這個例子，會更快：

#/user/bin/env python 
import sys 
file_object = open(sys.argv[1]) 
for some_line in file_object: 
    if some_line.startswith('>'): 
      sys.stdout.write(some_line.strip('\n') + '\t') 
    else: 
      sys.stdout.write(some_line)