通過RSqlite比sqlite3命令行界面SQLilte查詢要慢得多

我正在使用RSQLite包查詢本地SQLite數據庫，對於某些查詢，RSQLite接口速度很慢。通過RSqlite比sqlite3命令行界面SQLilte查詢要慢得多

作爲具體的例子，下面的查詢在一秒需要使用sqlite3的命令行實用程序來運行：

$ sqlite3 data/svn.db 
SQLite version 3.7.5 
Enter ".help" for instructions 
Enter SQL statements terminated with a ";" 
sqlite> select count(distinct svn_path.revision) FROM src INNER JOIN svn_path ON src.filename=svn_path.path; 
5039

但R中的等效的查詢需要一點超過兩分鐘，並且使用100％的我的一個CPU：

> library(RSQLite) 
Loading required package: DBI 
> con <- dbConnect(SQLite(), dbname="data/svn.db") 
> dbGetQuery(con, "select count(distinct svn_path.revision) FROM src INNER JOIN svn_path ON src.filename=svn_path.path") 
    count(distinct svn_path.revision) 
1        5039

爲什麼通過R接口的性能如此之慢？

請注意，我在Mac OS X 10.6.6上使用R64 2.10.1。

來源

2011-02-28 Lorin Hochstein

是否確定查詢不僅僅是通過命令行運行時在服務器上緩存？ – 2011-02-28 17:47:34

@Daniel Dickison：SQLite沒有服務器。 – Benoit 2011-03-01 12:27:29

也許RSQLite庫與shell（3.7.5）不是相同的引擎版本。 – Benoit 2011-03-01 12:28:34