錯誤消息

我使用，其中在某些時候我有類似的東西代碼錯誤消息

anna <- DNAStringSet() 
for (chr in c(paste('chr',seq(1,22),sep=''),'chrX','chrY')){ 
. 
. 
. 
anna.view<-DNAStringSet(Views(unmasked(Hsapiens[[chr]]) 
. 
anna<-append(anna,anna.view) 
} 
gc() 
} 
anna 

library(rGADEM) 
gadem <- GADEM(anna, genome = Hsapiens) 

Warning message: 
Using XStringViews() on a character vector is deprecated. 
Please use instead something like: 
    as(DNAStringSet(x)), "Views") 
if you really want views, otherwise just: 
    DNAStringSet(x)

是什麼消息呢？我是否必須更改我的代碼中的任何內容，或者繼續安全？

來源

2012-02-29 Anna

這將有助於知道警告來自哪裏，例如，在警告發生之前設置'options（warn = 2）'，然後是'traceback（）'，最後是'options（warn = 0）''重置默認警告行爲。同時詢問[bioconductor]（http://bioconductor.org/help/mailing-list/）郵件列表將得到負責該軟件的人的準確答案;如果這是警告發生的地方，請務必抄送'packageDescription（'rGADEM'）$ Maintainer'。 – 2012-02-29 13:07:06

關於XStringViews爲的警告爲deprecated，警告您可以使用此功能，但由於存在更好的替代方法（在警告中建議了替代方法），因此不鼓勵使用此功能。但是，您仍然可以使用該功能。

我認爲生成警告的代碼來自包內的函數。但沒有一個可重複的例子，這很難說。如果警告是從軟件包生成的，請升級到最新版本以查看是否可以解決問題（儘管該軟件包看起來不像是主動維護的）。或者，您可以向軟件包維護人員發送郵件並告知此問題。底線，您仍然可以在您的研究中使用該軟件包，該警告涉及純軟件技術問題。然而，代碼將不會在新版本的R或Bioconductor中運行，因爲過時的代碼有時會被刪除。

來源

2012-02-29 08:45:14

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