如何使用zcat作爲unix中函數的輸入？

我有一些非常大的文件，以及一個服務器沒有太多的空間，再加上它需要很多時間來解壓這些文件，所以我希望使用zcat作爲函數的輸入？如何使用zcat作爲unix中函數的輸入？

我一直在使用什麼是

$ zcat file1 | samtools view -bS > outputfile

文件1是壓縮文件，而該OUTPUTFILE顯然是samtools視圖功能的輸出。 samtools的輸入通常位於-bS和>

上面的內容不起作用，有幫助嗎？謝謝

2012-11-06 TheFoxx

您可能需要給「 - 」作爲參數samtools，得到它從標準輸入，而不是文件中讀取：

zcat file1 | samtools view -bS - > outputfile

2012-11-06 14:43:17

文件是壓縮還是GZipped？如果前者，zcat不會完成任務。你需要解壓代替，語法如下：

unzip -p file1 | samtools view -bS - > outputfile

2012-11-06 14:41:29 hd1

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