如何分解ggplot2中連續變量的背景顏色？

Question

我想用一個變量（RPKM）對背景進行着色，因爲大多數值範圍從1到40，最大值是800，最終圖片幾乎是藍色的，使得無法區分近似值，如2和3.在pheatmap，我可以通過使用爲1到40指定更多顏色的中斷來解決此問題，並使用相同顏色使值大於100。我試圖用scale_fill_gradientn,scale_color_brewer做同樣的事情，但沒有成功，有人能幫助我嗎？

\ 1。我的數據是這樣的：

head(data3, n=14) 
Gene_H Index  RPKM Usage Species Dif_index 
1 BORCS5  1  NA 0.9300  H   1 
2 BORCS5  1 4.663070 0.4200  R   1 
3 BORCS5  2  NA 1.0000  H  NA 
4 BORCS5  2 4.663070 1.0000  R  NA 
5 BORCS5  3  NA 1.0000  H  NA 
6 BORCS5  3 4.663070 0.8700  R  NA 
7 BORCS5  4  NA 1.0000  H  NA 
8 BORCS5  4 4.663070 1.0000  R  NA 
9 ALKBH3  1 0.000000 1.0000  H   1 
10 ALKBH3  1 5.330331 0.1400  R   1 
11 ALKBH3  2 0.000000 1.0000  H  NA 
12 ALKBH3  2 5.330331 1.0000  R  NA 
13 ALKBH3  3 0.000000 1.0000  H  NA 
14 ALKBH3  3 5.330331 1.0000  R  NA 

\ 2。我的代碼是：

ggplot(data3)+geom_point(aes(x=Index, y=Usage))+ylim(0,1)+ 
    geom_point(aes(x=Dif_index, y=Usage), color="red")+facet_wrap(Gene_H~Species, ncol=2)+ 
    theme(strip.text.x = element_blank(), axis.text.y=element_blank(), panel.grid.major=element_blank(), 
     panel.grid.minor=element_blank(), panel.margin=unit(0.1, "lines"))+ 
    geom_rect(aes(fill=RPKM), xmin=-Inf, xmax=Inf, ymin=-Inf, ymax=Inf) 

\ 3。然後我得到：

\ 4。我曾試圖與cut和scale_fill_brewer，但它輸出的錯誤，我沒有解決

geom_rect(aes(fill=cut(RPKM, c(seq(0,40,by=0.5),seq(41,800,by=20)))), xmin=-Inf, xmax=Inf, ymin=-Inf, ymax=Inf)+ 
    scale_fill_brewer(type="seq", palette="YlGn") 

Warning messages: 
1: In RColorBrewer::brewer.pal(n, pal) : 
    n too large, allowed maximum for palette YlGn is 9 
Returning the palette you asked for with that many colors 

2: Removed 5 rows containing missing values (geom_point). 
3: Removed 122 rows containing missing values (geom_point). 
4: In RColorBrewer::brewer.pal(n, pal) : 
    n too large, allowed maximum for palette YlGn is 9 
Returning the palette you asked for with that many colors 

\ 5。隨着scale_color_discrete，它會將顏色分爲不同的種類，但我希望顏色改變漸變。

geom_rect(aes(fill=cut(RPKM, c(seq(0,40,by=0.5),seq(41,800,by=20)))), xmin=-Inf, xmax=Inf, ymin=-Inf, ymax=Inf)+ 
    scale_color_discrete() 

Answer 1

scale_fill_brewer適用於離散比例尺，對於基於相同調色板的連續比例尺，您可以使用scale_fill_distiller。以下是一個示例（與color而不是fill - 爲您的用例切換回fill）與您的數據相同的0到50比例。

x = seq(0, 50, by = 2) 
dd = data.frame(x = x, y = x) 

gridExtra::grid.arrange(g + scale_color_distiller(palette = "RdYlGn"), 
      g + scale_color_distiller(palette = "PiYG"), 
      g + scale_color_distiller(palette = "YlGn")) 

您可以使用RColorBrewer::display.brewer.all()看到所有的RColorBrewer調色板選項。

另一種選擇是，因爲您的數據似乎集中在0附近，因此將對該比例進行對數或平方根變換。平方根將更自然，因爲您的數據包含0，但這有助於分散較低的顏色並壓縮較高的顏色。只需將trans = "sqrt"添加到任何scale_fill函數。對於更極端的轉換（可能需要您的數據上升到800），你可以log(RMKP + 1)，這是用trans = "log1p"實現的。

這裏是同一地塊從上述但trans = "sqrt"添加到秤：

Answer 2

您可以登錄色階：

set.seed(1) 
dat <- cbind(
    expand.grid(x=1:10, y=1:10), 
    z=sample(c(rep(1:40, length.out=99), 800)) 
) 
exp10 <- function(x) 10^x 
p <- ggplot(dat, aes(x=x, y=y, fill=log10(z))) + geom_tile() 
p + scale_fill_continuous(name="z", labels=exp10) 

，還可以使用一個更好的色標：

library(viridis) 
p + scale_fill_gradientn(name="z", labels=exp10, colours=viridis(256)) 

Answer 3

@BrodieG @Gregor

您好，感謝您的回覆！

使用日誌真的有助於解決這個問題時，有一些非常重要的價值。我想知道我是否可以通過將連續值更改爲離散值來解決問題，正如我在上面的4和5中所述。實際上，我認爲用4，除了輸出顏色不足的錯誤（除了輸出圖片後）外，我也會得到滿意的結果。谷歌後，有人建議使用「colorRampPalette（brewer.pal（9，」YlGn「））（101）」，但我不知道在哪裏添加和失敗。 5，與4相同，只是顏色沒有逐漸變化。