爲biopython中的format_alignment中的部分序列着色

Question

我正在使用format_alignment來查找兩個序列之間的pariwise對齊。我想用完全對齊的不同顏色（例如，基本編號40和基本編號54之間）突出部分序列，以便清楚它對齊哪個部分。上述序列需要在兩個序列中突出顯示。你可以建議我怎麼能在biopython

實例序列做到這一點：

順序1：ccagctgtttaattgagttgtcatatgttaataacggtatattggaacactgtataa

序列2：CCAGCTGTTTAATTGAGTTGTCATATGTTAATAACGGTATATTGGAACACTGTATAA

Answer 1

你可以試試，

你，

 
---------------------------ccagctgtttaattgagttgtcatatgttaataacggtatattggaacactgtataa- 
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CCAGCTGTTTAATTGAGTTGTCATATGT-T-A-A-T-A-A-C-G-G-T-A-T-A-T-T-G-G-A-A-C-A-C-T-G-T-A-T-AA 
    Score=0 

class bcolors: 
    MY_COLOR = '\033[93m' 
    ENDC = '\033[0m' 

wcolor = (first[0][:40] + bcolors.MY_COLOR + first[0][40:55] + bcolors.ENDC + first[0][55:], first[1], first[2], first[3], first[4]) 
print(format_alignment(*wcolor)) 

你：

wcolor = (first[0][:27] + bcolors.MY_COLOR + first[0][27:84] + bcolors.ENDC + first[0][84:], 
      first[1][:27] + bcolors.MY_COLOR + first[1][27:84] + bcolors.ENDC + first[1][84:], 
      first[2], first[3], first[4]) 
print(format_alignment(*wcolor)) 

你：