在Python中讀取ascii vtk文件並將其轉換爲numpy數組

Question

我有一個包含UNSTRUCTURED POINTS數據集的vtk文件。它有幾個數據集（場，電流，密度）。

我想在python中加載這個文件，並將每個數據集轉換爲numpy數組，用matplotlib繪製它。這個怎麼做？

Answer 1

沒有文件的例子，很難給出準確的答案。但從我所瞭解的vtk文件來看，它們可以在4行標題後包含ASCII或二進制數據。

如果VTK的數據是ASCII，然後

np.loadtxt(filename, skiplines=4) 

應該工作。再說一遍，如果你有一堆不同的領域，你的文件的結構可能會變得棘手。

如果數據是二進制，你需要使用像

filename.read() 
struct.unpack() 

或

np.fromfile() 

Answer 2

解決方案由vtk_to_numpy函數從VTK包給出。它沿着Vtk網格讀取器使用，具體取決於網格格式（結構化或非結構化）：vtkXMLUnstructuredGridReader對您的情況是一個不錯的選擇。

一個示例代碼如下所示：

from vtk import * 
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy 

# load a vtk file as input 
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader() 
reader.SetFileName("my_input_data.vtk") 
reader.Update() 

#The "Temperature" field is the third scalar in my vtk file 
temperature_vtk_array = reader.GetOutput().GetPointData().GetArray(3) 

#Get the coordinates of the nodes and their temperatures 
nodes_nummpy_array = vtk_to_numpy(nodes_vtk_array) 
temperature_numpy_array = vtk_to_numpy(temperature_vtk_array) 

x,y,z= nodes_nummpy_array[:,0] , 
     nodes_nummpy_array[:,1] , 
     nodes_nummpy_array[:,2] 


(...continue with matplotlib) 

與matplotib繪製更長的版本可以在這個主題中找到：VTK to Maplotlib using Numpy