在MCMC

Question

來自R調用從C R所以我要運行大型MCMC的哪些是不可行的R.因此我寫了在C環和使用.C

來自R調用它

然而，在此循環，我偶爾會有采樣步驟或建模步驟，在R中有標準包。從頭開始用C編碼這些東西對我來說會是矯枉過正的。

這就是爲什麼我想在這裏調用R函數。我將在「編寫R擴展」中使用「8.1在Unix下嵌入R」。

，使其成爲，R嵌入C，這本身就是從R的.C調用是這種方法確定在

• 簡單而言，還是有一個更優雅的框架？

• 穩定性（R調用C，它調用R）

• 可伸縮性（R調用C，它調用R），我將在亞馬遜運行多個這樣MCMC採樣？

• 內存使用情況？

我只對R嵌入在C（而不是C++）感興趣。速度對我來說非常重要。

Answer 1

我們在CRAN，http://cran.us.r-project.org/web/packages/mcmc/index.html的mcmc軟件包中正是這樣做的。該鏈接包含下載源代碼的方式。

這個包實現了Metropolis-Hastings算法。具體來說，C代碼處理運行MH循環，但調用用戶提供的R函數來評估每次迭代時的日誌非標準化目標密度，它還會調用用戶提供的輸出函數。

我已經使用非常大的模型和數據集運行此代碼，因此使用此方法在R中運行「大型」MCMC估計肯定是可行的。