R給出ANOVA表中的一個變量的錯誤的DF

Question

我一直試圖在試點研究上運行ANOVA，我使用8種不同的菌株（分離株）在3個時間點觀察毒素生產對生長速率的影響。分離物總是tox或nontox。然而，出於某種原因，r一直給我6個自由度，而不是7個孤立點。有誰知道如何解決這個問題？

對不起，以下表格不是真正的表，我是新來的，我不知道如何讓它正確對齊。

> data 

    isolate size time tox 
1  1644 1.4625 1 1 
2  1644 2.6300 2 1 
3  1644 3.9700 3 1 
4  1694 1.5625 1 1 
5  1694 2.6625 2 1 
6  1694 3.9125 3 1 
7  1654 1.3875 1 0 
8  1654 2.4125 2 0 
9  1654 3.6875 3 0 
10 2195 1.7275 1 1 
11 2195 2.9875 2 1 
12 2195 3.9625 3 1 
13 1698 1.2875 1 0 
14 1698 2.4375 2 0 
15 1698 4.0500 3 0 
16 2192 1.4250 1 0 
17 2192 2.2525 2 0 
18 2192 4.0000 3 0 
19 2205 1.5375 1 1 
20 2205 2.8750 2 1 
21 2205 3.9125 3 1 
22 2208 1.0375 1 0 
23 2208 1.8375 2 0 
24 2208 2.7750 3 0 

data <- aov(size ~ factor(tox) + factor(time) + factor(isolate)) 
summary(data) 

       Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)  
factor(tox)  1 0.886 0.886 24.890 0.000199 *** 
factor(time)  2 22.237 11.119 312.183 2.44e-12 *** 
factor(isolate) 6 1.086 0.181 5.083 0.005782 ** 
Residuals  14 0.499 0.036      

Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

> factor(isolate) 

[1] 1644 1644 1644 1694 1694 1694 1654 1654 1654 2195 2195 2195 1698 
1698 1698 2192 2192 2192 

[19] 2205 2205 2205 2208 2208 2208 

Levels: 1644 1654 1694 1698 2192 2195 2205 2208 

Answer 1

我認爲，這裏所發生的是，該模型確實看到7組爲變量「孤立」，但只有6的，當其他變量都存在的需要。當其中一組中的變異性是其他變量的線性組合時，這是可能的。

如果你這樣做：

> data <- lm(size ~ factor(tox) + factor(time) + factor(isolate)) 
> summary(data) 

Call: 
lm(formula = size ~ factor(tox) + factor(time) + factor(isolate)) 

Residuals: 
     Min  1Q Median  3Q  Max 
-0.315000 -0.083542 -0.006458 0.047813 0.298750 

Coefficients: (1 not defined because of singularities) 
        Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)  
(Intercept)   0.74125 0.12208 6.072 2.88e-05 *** 
factor(tox)1   0.80000 0.15442 5.181 0.000139 *** 
factor(time)2  1.08250 0.09456 11.448 1.71e-08 *** 
factor(time)3  2.35375 0.09456 24.891 5.44e-13 *** 
factor(isolate)1654 0.61000 0.15442 3.950 0.001451 ** 
factor(isolate)1694 0.02333 0.15442 0.151 0.882048  
factor(isolate)1698 0.70667 0.15442 4.576 0.000431 *** 
factor(isolate)2192 0.67333 0.15442 4.360 0.000653 *** 
factor(isolate)2195 0.20667 0.15442 1.338 0.202110  
factor(isolate)2205 0.09000 0.15442 0.583 0.569274  
factor(isolate)2208  NA   NA  NA  NA  
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Residual standard error: 0.1891 on 14 degrees of freedom 
Multiple R-squared: 0.9797, Adjusted R-squared: 0.9667 
F-statistic: 75.08 on 9 and 14 DF, p-value: 2.707e-10 

你會發現用於隔離組NA值= 2208 這意味着，不需要通過模型（當其他2個變量都存在）此組。