陣列作業在bash中給出錯誤

Question

由於我想在R中運行多個具有不同值的模擬，因此我建議在bash中使用作業數組。 1）我生成了參數組合，並將其保存在一個名爲parameters.txt的txt文件中。 2）我現在想要將每個參數組合用於R.每個組合都由一個由3個參數（3個參數）組成的行表示在parameters.txt中。

當我運行我的腳本，出現錯誤消息：

頭：parameters.txt：行數量無效

頭：parameters.txt：線

頭數無效：parameters.txt：線的無效數

工作數組項：RX =，RY =，RZ =

這裏是我的腳本：

# Sweeping parameters.txt 
N=${SLURM_ARRAY_TASK_ID} 
rx=`head -n ${N} parameters.txt | tail -n 1 | cut -d' ' -f1` 
ry=`head -n ${N} parameters.txt | tail -n 1 | cut -d' ' -f2` 
rz=`head -n ${N} parameters.txt | tail -n 1 | cut -d' ' -f3` 

# Display 
echo "Job array item $N: rx=$rx, ry=$ry, rz=$rz" 
echo "---------------------------------" 

# Run 
R CMD BATCH ex.R $rx $ry $rz 

Answer 1

似乎SLURM_ARRAY_TASK_ID是None (not set)，因此N爲None這裏：

N=${SLURM_ARRAY_TASK_ID} 

然後bash將其翻譯爲

rx=`head -n parameters.txt ... 

你可以用與if聲明如下：

N=${SLURM_ARRAY_TASK_ID} 
if [ -n "${N}" ]; then 
    rx=`head -n ${N} parameters.txt | tail -n 1 | cut -d' ' -f1` 
    ry=`head -n ${N} parameters.txt | tail -n 1 | cut -d' ' -f2` 
    rz=`head -n ${N} parameters.txt | tail -n 1 | cut -d' ' -f3` 

    # Display 
    echo "Job array item $N: rx=$rx, ry=$ry, rz=$rz" 
    echo "---------------------------------" 

    # Run 
    R CMD BATCH ex.R $rx $ry $rz 
else 
    echo "SLURM_ARRAY_TASK_ID/N is None" 
fi