僅在單個節點上運行的SLURM上的R作業

Question

儘管提到作業應該在其上運行的作業名稱，分區和節點，但R仍在計算節點01上運行，並且沒有遷移到其他節點。我提出下面的腳本，任何幫助表示讚賞：

!/bin/bash 
#SBATCH --job-name=10/0.30 
#SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --ntasks-per-node=16 
#SBATCH --partition=debug 
#SBATCH --exclude=compute[23,31-33,40] 
#SBATCH --nodelist=compute[07] 

echo "program started" 

cd /home1/ASP/sourav/coarse_grained_simulations/10/0.30 

sbatch /home1/ASP/R-3.3.1/bin/R CMD BATCH --no-save --no-restore test_dcd.R test_dcd.out 

在運行SQUEUE讓正在運行的作業清單：

  12169  nnvi  R  ASP R  7:08  1 compute01 
     12172  nnvi  R  ASP R  5:03  1 compute01 
     12175  nnvi  R  ASP R  3:26  1 compute01 
     12177  nnvi  R  ASP R  0:02  1 compute01 

Answer 1

您必須運行sbatch通過腳本作爲參數，不在腳本內。

所以不是運行：

sbatch /home1/ASP/R-3.3.1/bin/R...

你應該運行：

sbatch myscript.sh

另外如果你想在工作中使用多個CPU，您應該使用--cpus-per-task=16代替--ntasks-per-node。 --ntasks和--ntasks-per-node用於MPI應用程序。有關選項的更多詳細信息，請查看sbatch聯機幫助頁。