爲什麼這個循環不能正常工作？ （Python）

Question

這是我正在做的事：

有兩個文件，我比較。

因此，有兩個文件包含與該突變相關的突變名稱和編號爲aapos的編號。

在文件1中，有t個突變和在文件2中，有s個突變。

現在，文件編號2中的突變具有特定的生物學意義，所以我試圖做的是查看文件1中的突變名稱（在我的程序中稱爲tagname）是否等同於文件2中的標記名，以及該特定突變的aapos數是否落入文件編號2中的aapos1和aapos2的範圍內。

如果滿足這兩個條件，那麼文件1中的突變具有特殊的生物學意義，讓我們打電話它屬於第1類，否則它屬於第2類，這沒有生物學意義。

此外，在這些文件中，有一個名爲synonymous列和文件各1突變，同義列分配若干0或1

現在，這是我想做的對於屬於CATEGORY 2的每個突變，如果該突變的synonymous列爲0，我希望計數器nonsyntwo加1，如果它是1，那麼我希望計數器syntwo加1.實質上，對於所有屬於類別2的突變，我想要在synonymous列中有多少具有指定值0的計數以及具有指定值1的有多少個。

但是，當程序運行時，我最終得到一個nonsyntwo和syntwo的數字，這比我正在使用的文件中的標記名的數量要多得多。如果我要將s和t更改爲15（每個文件中有成千上萬的標記名），那麼我將得到94作爲nonsyntwo的值。

如果程序迭代了15個標記名，這怎麼可能？

for x in range(1,s): 
    for b in range (1,t): 
     if tagname1[x]== tagname2[b]: 
      if int(aapos1[b]) <= int(aapos[x])<= int(aapos2[b]): 
       snps = snps + 1 
      elif int(synonymous[x]) == 0: 
       nonsyntwo = nonsyntwo + 1 
      elif int(synonymous[x]) == 1: 
       syntwo = syntwo + 1 
     elif tagname1[x]!= tagname2[b]: 
      if int(synonymous[x]) == 0: 
       nonsyntwo = nonsyntwo + 1 
      elif int(synonymous[x]) == 1: 
       syntwo = syntwo + 1 

Answer 1

我不完全理解你想要做什麼，當我開始命名hypotheticals就一發不可收拾，但是這是你的問題：

elif tagname1[x]!= tagname2[b]: 
     if int(synonymous[x]) == 0: 
      nonsyntwo = nonsyntwo + 1 
     elif int(synonymous[x]) == 1: 
      syntwo = syntwo + 1 

這將運行每對x,b。這意味着它將至少執行(s-2)(t-2)次。我懷疑這不是你想要的。

Answer 2

你真的需要清楚地說明你的問題。我們不應該通過你的問題來理解你正在處理的是什麼。

我瞭解以下內容：

因此，有包含突變和一個數字， 稱爲aapos，與突變相關的名字兩個文件。 [...] 另外，在每個這些文件中，都有一個名爲'synonymous'的列[...]] aapos1和aapos2的範圍內 文件號2

1. 你有兩個文件。
2. 第一個文件有三列：tagname, appos, synonymous。
3. 第二個文件有四列：tagname, aapos, appos2, synonymous。

現在，文件號2突變有一個特定的生物 signifiance，所以我想要做的就是看文件1突變名稱 （在我的節目叫標記名）是否等於到文件2中的標記名稱 ，以及該特定突變的aapos編號是否落入文件編號2中的apos1和apos2的範圍內。[012] 如果滿足這兩個條件，那麼我在文件1具有特殊的生物學意義，我們稱之爲類別1

1. 您要檢查file2中的每一行，如果第一列相匹配，在文件1
2. 如果匹配，如果第二列withing第二和第三列的量程file2中，你想將該行添加到名爲category1的集合中;否則添加到另一個名爲category2的集合。

在這些文件中的

，有一個名爲列「的代名詞」和 文件1各突變，同義列分配一些 0或1。現在，這是我想要的要做到：對於屬於第2類的 的每個突變，如果該突變的「同義」列爲0，則I 希望計數器'nonsyntwo'加1，如果它是1，那麼我想要 計數器'合成'添加1.

1. 從category2集合中取出每個項目，並計數1和0的數量。

如果這是正確的，那麼以下是你所需要的（假設你的文件用逗號分隔）

import csv 
from collections import Counter 

with open('file1.txt') as f: 
    reader = csv.reader(f, delimiter=',') 
    file1 = list(reader) 

with open('file2.txt') as f: 
    reader = csv.reader(f, delimiter=',') 
    file2 = list(reader) 

cat1 = [] 
cat2 = [] 

for line in file2: 
    for line2 in file1: 
     if line[0] == line2[0]: 
      if int(line2[1]) <= int(line[1]) <= int(line2[2]): 
       cat1.append(line) 
      else: 
       cat2.append(line) 

counter = Counter(line[3] for line in cat2) 
nonsyntwo = counter['0'] 
syntwo = counter['1'] 

Answer 3

我不明白你的問題的本質。但是，我有這些改進建議：

aapos = map(int, appos) 
aapos1 = map(int, appos1) 
aapos2 = map(int, appos2) 
synonyms = map(int, synonyms) # or are they already? 
for x in range(1,s): 
    for b in range (1,t): 
     # Here, x and b go from 1 to s resp t. 
     # So you are always missing [0] of the array. 
     # Doing 
     x, b = x-1, b-1 
     # is not very clean, but it helps for now. 
     checksyn = True 
     if tagname1[x] == tagname2[b]: 
      if aapos1[b] <= aapos[x] <= aapos2[b]: 
       snps += 1 
       checksyn = False 
     if checksyn: 
      if synonymous[x] == 0: 
       nonsyntwo += 1 
      elif synonymous[x] == 1: # if 1 is the only other possible value, an else: would be enough here. 
       syntwo += 1