獲得一個樹狀的分支長度在廣度優先搜索順序

是否有任何R函數來獲取一個樹形圖的分支長度：獲得一個樹狀的分支長度在廣度優先搜索順序

set.seed(1) 
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10) 
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat))))

在廣度優先搜索順序？

爲dend我希望得到這樣的結果：

c(16.38688,15.41441,15.99504,14.68365,13.52949,14.39275,12.96921,13.91157,13.15395)

它是由BPS有序的節點深度（不包括葉）。

感謝

來源

2017-01-05 dan

'plotrix'包中名爲'listDepth'的函數看起來可以工作。標題是「查找列表的最大深度」。 – lmo

數據：

set.seed(1) 
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10) 
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat))))

使用data.tree包允許遍歷各種訂單樹。 level會給問題規定了什麼：

require(data.tree) 
dend.dt <- as.Node(dend) 
sapply(Traverse(dend.dt,traversal = "level", pruneFun = isNotLeaf),function(x) x$plotHeight) 
[1] 16.38688 15.41441 15.99504 14.68365 13.52949 14.39275 12.96921 13.91157 13.15395

來源

2017-01-06 03:53:39 dan

最好在代碼中包含一些上下文/解釋，因爲這會使OP對未來的讀者更有用。 – EJoshuaS

您可以輕鬆地編寫一個這樣的：

dendro_depth <- function(dendro){ 
    if(!is.null(attributes(dendro)$leaf)) 
    0 
    else 
    max(dendro_depth(dendro[[1]]),dendro_depth(dendro[[2]])) +1 
}

來源

2017-01-05 21:22:25 HubertL

你能得到這個返回節點高度的bfs排序向量嗎？ – dan

請參閱從dendextendget_branches_heights。

set.seed(1) 
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10) 
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat)))) 

library(dendextend) 
get_branches_heights(dend, sort = F)

它似乎並不完全同youu希望的順序，但看這仍然是有用的：

> get_branches_heights(dend, sort = F) 
[1] 16.38688 15.41441 14.68365 15.99504 13.52949 
[6] 12.96921 14.39275 13.91157 13.15395

BTW，dendextend近期GitHub的版本還配備了highlight_branches功能

plot(highlight_branches(dend))

：基於分支高度（在此情況下，以某種方式與你的動機）着色分行

來源

2017-01-06 04:15:25

獲得一個樹狀的分支長度在廣度優先搜索順序

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