將生存分數數據轉換爲R中的二項式計數數據？

Question

我有一個數據集，其中包括研究中果蠅的不同基因系（線）的個體數量（n）以及存活（存活）的數量。這被分成重複（REP）該數據幀看起來像這樣：

line rep n alive trt 
1 21 1 5 2  control 
2 21 2 5 4  control 
3 26 1 5 1  control 
4 26 2 5 4  control 

爲了擬合二項式模型，我想分數（活着/ N）來計算轉換數據。到目前爲止，我一直在手工做的（這是很辛苦）創建這樣一個數據幀：

line rep trt  surv 
1  21 1 control 0 
2  21 1 control 0 
3  21 1 control 0 
4  21 1 control 1 
5  21 1 control 1 
6  21 2 control 0 
7  21 2 control 1 
8  21 2 control 1 
9  21 2 control 1 
10 21 2 control 1 
11 26 1 control 0 
12 26 1 control 0 
13 26 1 control 0 
14 26 1 control 0 
15 26 1 control 1 
16 26 2 control 0 
17 26 2 control 1 
18 26 2 control 1 
19 26 2 control 1 
20 26 2 control 1 

這允許我創建一個模型，其中生存是響應變量，行和治療之間的相互作用（TRT）是一個主要的效果，代表是一個隨機效應。該模型起作用，問題是需要多少時間才能生成這個數據（我總共有139行，每行5個代表）。有人可以幫我創建一個函數，給我看一個函數或者一個能幫助我的包嗎？有沒有更簡單的方法來做到這一點？

由於提前，

菲爾

Answer 1

與樣品數據

dd<-read.table(text=" line rep n alive trt 
1 21 1 5 2  control 
2 21 2 5 4  control 
3 26 1 5 1  control 
4 26 2 5 4  control", header=T) 

您可以使用dplyr和tidyr幫助...

庫（dplyr） 庫（ tidyr）

dd %>% mutate(dead=n-alive) %>% select(-n) %>% 
    gather(status, count, c(alive,dead)) %>% 
    slice(rep(1:n(), .$count)) %>% select(-count) %>% 
    transform(surv=ifelse(status=="alive",1,0), status=NULL) %>% 
    arrange(line, rep, trt, surv) 

我們用gather()來爲surv=0和surv=1不同的行，我們使用slice()複製所需的行。