合併和R中

反轉有缺失數據的多個文件我有多個文件與製表符分隔，看起來像這樣的數據：合併和R中

我想是反轉並結合他們。所以它看起來像這樣：

filename A B C D 
file1 25 50 10 30 
file2 20 15 0 10 
file3 60 20 30 0

正如你可以看到有一些文件有丟失的數據（文件2缺少對C的值，所以在該文件中沒有列C）。我想有任何丟失的列報爲0

我試圖用數據= lapply（文件列表，函數read.table 09月=「\ t」的），但這只是給了我：

data 
[[1]] 
     V1  V2 
1   C 27660 
2   B  4 
3   E 40128 
4   D 4584 
5   G 43078 

[[2]] 
     V1  V2 
1   C 31530 
2   E 47978 
3   D 5268 
4   G 54636

哪不是我想要的。我希望字母是列和行作爲文件名。

來源

2012-02-22 helicase

如果文件並不都具有相同的列數，那麼您的示例文件如何提供足夠的信息以供我們制定解決方案？提供一個實際代表你的文件的例子是否有意義？ – joran 2012-02-22 15:58:03

閱讀你的文件，然後使用'合併' – Andrie 2012-02-22 16:44:32

可合併使用超過2個文件？ – helicase 2012-02-22 17:58:55

您或許可以使用plyr包的rbind.fill()函數。基本上你會讀取你的文件，用t()轉置它們，然後使用rbind.fill將它們全部加入到一個大數據框中。

來源

2012-02-22 18:49:03 jonchang

您可以將文件名添加到data.frames的新列中，並將它們連接起來並重新整理結果。

# Not run: 
# data <- lapply(filelist, read.table, sep = "\t") 
# names(d) <- filelist 

# Use sample data instead 
d <- list(
    file1 = data.frame(V1 = sample(LETTERS, 10), V2 = rpois(10,10)), 
    file2 = data.frame(V1 = sample(LETTERS, 10), V2 = rpois(10,10)), 
    file3 = data.frame(V1 = sample(LETTERS, 10), V2 = rpois(10,10)) 
) 

# Add the file name as a column 
for(i in names(d)) { 
    d[[i]] <- data.frame(file=i, d[[i]]) 
} 

# Concatenate everything 
d <- do.call(rbind, d) 

# Convert to wide format 
library(reshape2) 
dcast(d, file ~ V1, fill=0)

來源

2012-02-23 01:02:25

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