Python for循環未在一個腳本中運行，但在另一個腳本中運行

我有兩個幾乎相同的代碼。唯一的區別是，一個代碼使用argparse，以便它可以在命令行運行，如下所示：Python for循環未在一個腳本中運行，但在另一個腳本中運行

parser = argparse.ArgumentParser() 
parser.add_argument('directory', help = 'Main Directory of Files') 
parser.add_argument('chip_num', help = 'Chip Number') 
args = parser.parse_args() 

path = args.directory 
chip_num = args.chip_num

的其他代碼簡單地路徑和chip_num定義爲我寫入腳本變量。

我有以下代碼遍歷目錄中的子文件夾（編輯長度，但給主圖片）。

for root, dirs, files in os.walk(path):  
for d in dirs: 
    if d.startswith('pass') or d.startswith('fail'): 
     new_txt = 'Chip%s%s.txt' % (chip_num, d) 
     path_new = os.path.join(results_dir, new_txt) 

     tot_qscore = 0 
     tot_reads = 0 

     with open(path_new, 'w') as myfile:     
      myfile.write('File Name \t') 
      ## writes other titles 

     for rootfolder, blankdirs, fast5files in os.walk(d):   
      for filename in fast5files: 
       if filename.endswith('.fast5'): 
        filepath = os.path.join(rootfolder, filename) 
        with h5py.File(filepath, 'r') as hdf:        
         with open(path_new, 'a') as myfile:         
          myfile.write('%s \t' % (filename)) 
          ## gets other variables and prints it to the file 
          tot_qscore += qscore 
          tot_reads += 1 

     avg_qscore = float(tot_qscore/tot_reads)

雖然代碼運行完全在我寫的變量，可以用命令行中使用的腳本的腳本能夠運行腳本，但不知何故繞過for循環，通過穿越「 d'目錄（對於rootfolder，blankdirs，os.walk（d）中的fast5files），並直接進入計算avg_qscore，因此給我錯誤，因爲tot_reads沒有增加，所以我除以零。

是否有任何理由跳過for循環...是否受到argparse的影響？

來源

2015-10-28 j2120

你應該在'path'中包含'tree'的輸出。 – robert

對不起，你的意思是樹的輸出？ – j2120

http://linux.die.net/man/1/tree – robert

所以與代碼的問題是，我可以在Canopy下運行它，如果我的工作目錄是我想使用的工作目錄，但不是如果工作目錄不同或者我在命令行中。我最終只是改變了我的代碼中的工作目錄。

來源

2015-10-28 17:43:26 j2120

Python for循環未在一個腳本中運行，但在另一個腳本中運行

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