在knitr中，圖形高度不會服從我的opts_chunk $ set命令，當大小在動態變化時

我試圖用R package knitr創建HTML文件，但我發現整個體驗相當困難，可能是因爲文檔很稀疏當不使用LaTeX時（以及不知道Sweave的人）。具體問題是這樣的：

我希望在HTML文件中生成兩個類似的圖表，但每個圖表都必須有不同的高度。因此，這裏是我的RHTML文件：

<!DOCTYPE html> 
<html> 
<head> 
    <title>TEST</title> 
</head> 
<body> 



<!--begin.rcode 
opts_chunk$set(echo=FALSE, dpi=96, fig.width=9, fig.height=8, dev="png") 
    print("Width 9, height 8") 
    plot(rnorm(100), col="orange") 
end.rcode--> 

<hr> 

<!--begin.rcode 
opts_chunk$set(echo=FALSE, dpi=96, fig.width=9, fig.height=12, dev="png") 
    print("Width 9, height 12") 
    plot(rnorm(100), col="purple") 
end.rcode--> 

<hr> 

</body> 
</html>

正如你可以看到兩個（簡單）地塊必須具有相同的寬度（9），但不同的高度（8則12）。這在R中非常簡單，但是knitr似乎想要保持縱橫比相同。下面是這兩個情節輸出：

enter image description here

正如你所看到的，下一個沒有我想要的縱橫比，它們是不同的寬度。

而且，我得到這一切塊輸出的，我認爲我是用回聲= FALSE抑制我的HTML文件的頂部....

enter image description here

我怎麼可能解決所有的這？ opts_chunk $ set是否僅設置了某種全局選項？如果我想在每次輸出新圖形時重置選項，該怎麼辦？而我該如何壓制所有 knitr包的輸出？

來源

2013-07-28 Thomas Browne

只是提出一些解決這些問題的建議：確保'cache = FALSE'並丟棄數字和緩存子文件夾，以確保它們全部得到更新。確保儘可能多的選項在'setup'塊中設置。然後，只修改它們更改的塊中的塊選項。另外，我總是將'rm（list = ls（））'放在我的設置塊中，以便使寫入全局環境的某些參數不會出現。此外，排版會產生中間文件 - 也會將這些文件丟棄，以強制新的副本。最後，你可能會看''knitr'中的'spin'函數。 –

好吧，只是試了一下。 rm（list = ls（））;擦除圖形目錄中的所有png，重新加載瀏覽器，清除其緩存;沒有快樂。還是一樣。由於我實際上沒有排版（只是HTML），除了「圖」目錄之外，還有什麼需要清除，你知道嗎？順便說一句，什麼是「設置塊」？ –

這沒什麼正式的，但許多人使用第一個代碼塊來設置'knitr'和'R'選項和設置。例如，它會有'opts_chunk'和'library（「無論」）。另外，如果你依賴全局變量，你會錯過重複研究的優點。如果可能的話，使腳本生成或至少從「csv」或「RData」或類似的東西獲取這些值。 –

我認爲這與重複設置opts_chunk有關，儘管我不知道爲什麼它不應該按照您想要的方式工作。無論如何，這裏是一個工作的例子。我不會發布結果來節省空間，但它看起來像你想要的 - 尺寸是尊重。

<!DOCTYPE html> 
<html> 
<head> 
    <title>TEST</title> 
</head> 
<body> 

<!--begin.rcode Setup, echo = FALSE 
    opts_chunk$set(echo=FALSE, dpi=96, fig.width=9, fig.height=8, dev="png") 
end.rcode--> 

<!--begin.rcode Fig1 
    print("Width 9, height 8") 
    plot(rnorm(100), col="orange") 
end.rcode--> 

<hr> 

<!--begin.rcode Fig2, fig.width=9, fig.height=12 
    print("Width 9, height 12") 
    plot(rnorm(100), col="purple") 
end.rcode--> 

<hr> 

</body> 
</html>

來源

2013-07-28 18:15:12

作品像一個夢想，除了我不得不在安裝後的逗號我的系統至少第一塊塊必須閱讀：<！ - begin.rcode安裝程序，echo = FALSE –

非常好。我也學到了一些東西 - 從來沒有用'Rhtml'文件試過'knitr'。 –

關鍵是，opts_chunk中設置的選項將應用於所有_following_塊，但不是當前塊 –

在knitr中，圖形高度不會服從我的opts_chunk $ set命令，當大小在動態變化時

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