R/Sweave參數

Question

我正在使用R和Sweave生成報告。

[R CMD Sweave MyReport.Rnw

我希望能夠發送參數到R代碼，因爲該報告，當然，「動態」。所以，我想能夠做到這樣的事情：

[R CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId = 5

...並使R代碼讀取變量中的PatientId值...

我該如何做？有人提到使用環境變量，但這似乎是一個非優雅的解決方案。

Answer 1

擺脫R指令行傳遞的參數，你可以使用函數commandArgs()，但不幸的是R CMD Sweave不支持額外的命令行選項。但是，您仍然可以撥打R -e，例如

R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1 

在MyReport.Rnw，你做commandArgs(TRUE)一些文字處理，這讓你在這種情況下，一個字符串PatientId=1。

但我相信一個更好的做法是在R腳本中使用函數Sweave()直接;例如在這種情況下，您可以編寫過程中的腳本像

PatientId <- 1 
Sweave("MyReport.Rnw") 

和MyReport.Rnw您直接使用全局變量PatientId。如果您想要生成一系列報告，您甚至可以使用PatientId的循環。

Answer 2

你需要「寫」在那裏可以「讀」的價值：

• 環境變量，如前所述，與sys.getenv()

• 配置或數據文件，一個簡單的方法，您可以讀

• 數據的基礎上存儲

等PP回想一下，R代碼裏面真的是執行讓你隨時可以做兩步：

rScriptOne.r     # write to foo.txt 
R CMD Sweave MyReport.Rnw  # reads from foo.txt