的R - 出口Numsummary到csv

Question

我有一些麻煩，使用建議linked here這基本上只是

write.csv(numsummary$table) 

從R. 出口的一些信息的信息是numsummary，我可以得到大部分的總結到一個CSV

但每次我使用這最後一列從csv輸出中斷。

我一直無法找到一種方法來獲取包含在csv輸出中的最後一列，有誰知道如何做到這一點，或能夠指向我的資源，我可以檢查以瞭解如何做到這一點？

請讓我知道是否有任何更多的信息，我可以提供這將有所幫助，並提前感謝您的幫助！

編輯：完整的R腳本的例子，其中最後一列 - 在這種情況下，列'n' - 被切斷。使用csv.write（輸入$ table）似乎將最後一列排除在我使用的任何類型的輸出上，而不僅僅是數字摘要。

#start toothGrowth csv generation 
#dataset available at https://vincentarelbundock.github.io/Rdatasets/csv/datasets/ToothGrowth.csv 

toothGrowth <- read.table("ToothGrowth.csv", header=TRUE, sep=",", na.strings="NA", dec=".", strip.white=TRUE) 
numSumTooth <- numSummary(toothGrowth[,c("dose", "len", "X")], statistics=c("mean", "sd", "IQR", "quantiles"), quantiles=c(0,.25,.5,.75,1)) 
str(toothGrowth) 
numSumTooth 
write.csv(numSumTooth$table, file="numSumTooth.csv") 

#end toothGrowth csv generation 

我生成使用上面的腳本鏈接在這裏對引擎收錄輸出sumSumTooth

Answer 1

之所以「N」失蹤是因爲值保持爲numSummaryObj$n，而其他勘探值保持爲numSummaryObj$table。

裝回去需要簡單cbind或data.frame命令：

file <- "https://vincentarelbundock.github.io/Rdatasets/csv/datasets/ToothGrowth.csv" 
toothGrowth <- read.table(file, header=T, sep=",", row.names=1, na.strings="NA", dec=".", strip.white=TRUE) 

numSumTooth <- RcmdrMisc::numSummary(toothGrowth[, c("len", "dose")]) 

nST <- data.frame(numSumTooth$table, numSumTooth$n) 
names(nST) <- c(colnames(numSumTooth$table), "n") 

write.csv(nST, "numSumTooth.csv") 

==

編輯：

我個人投資的某個時候的數據處理與像dplyr和tidyr包，因爲它們在未來給你很大的里程和靈活性。例如，爲了產生一個data.frame相同numSummary，您可以運行以下命令：

toothGrowth %>% 
    select(-supp) %>% 
    gather(var, val) %>% #convert the wide data frame into the long-form, with var = dose and len 
    group_by(var) %>% 
    summarise(mean = mean(val), sd = sd(val), 
      IQR = IQR(val), 
      `0%`= min(val), 
      `25%` = quantile(val, 0.25), 
      `50%` = median(val), 
      `75%` = quantile(val, .75), 
      `100%` = max(val), 
      n = n()) 


# A tibble: 2 × 10 
    var  mean  sd IQR `0%` `25%` `50%` `75%` `100%`  n 
    <chr>  <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <int> 
1 dose 1.166667 0.6288722 1.5 0.5 0.500 1.00 2.000 2.0 60 
2 len 18.813333 7.6493152 12.2 4.2 13.075 19.25 25.275 33.9 60 

在這種方法的靈活性是，你可以選擇找意味着每個組（如supp在這種情況下）：

toothGrowth %>% 
# select(-supp) %>% 
    gather(var, val, -supp) %>% 
    group_by(supp, var) %>% 
    summarise(mean = mean(val), sd = sd(val), 
      IQR = IQR(val), 
      `0%`= min(val), 
      `25%` = quantile(val, 0.25), 
      `50%` = median(val), 
      `75%` = quantile(val, .75), 
      `100%` = max(val), 
      n = n()) 


Source: local data frame [4 x 11] 
Groups: supp [?] 

    supp var  mean  sd IQR `0%` `25%` `50%` `75%` `100%`  n 
    <fctr> <chr>  <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <int> 
1  OJ dose 1.166667 0.6342703 1.5 0.5 0.500 1.0 2.000 2.0 30 
2  OJ len 20.663333 6.6055610 10.2 8.2 15.525 22.7 25.725 30.9 30 
3  VC dose 1.166667 0.6342703 1.5 0.5 0.500 1.0 2.000 2.0 30 
4  VC len 16.963333 8.2660287 11.9 4.2 11.200 16.5 23.100 33.9 30 

==

另一種選擇（如果你覺得重複寫入的長期總結的語法是件苦差事）是創建一個功能，如：

checkVar <- function(varname, data){ 
    val <- data[, varname] 
    tmp <- data.frame(mean = mean(val), 
        sd = sd(val), 
        IQR = IQR(val), 
        `0%`= min(val), 
        `25%` = quantile(val, 0.25), 
        `50%` = median(val), 
        `75%` = quantile(val, .75), 
        `100%` = max(val), 
        n = length(val)) 
    names(tmp) <- c("mean", "sd", "IQR", "`0%`", "`25%`", "`50%`", "`75%`", "`100%`", "n") 
    rownames(tmp) <- varname 
    return(tmp) 
} 

執行自定義功能會給您彙總統計：

checkVar("dose", ToothGrowth) 


     mean  sd IQR `0%` `25%` `50%` `75%` `100%` n 
dose 1.166667 0.6288722 1.5 0.5 0.5  1  2  2 60 

，並把它們變成一個單一的data.frame涉及的應用功能，例如與lapply：

do.call(rbind, lapply(c("dose", "len"), checkVar, data=ToothGrowth)) 


      mean  sd IQR `0%` `25%` `50%` `75%` `100%` n 
dose 1.166667 0.6288722 1.5 0.5 0.500 1.00 2.000 2.0 60 
len 18.813333 7.6493152 12.2 4.2 13.075 19.25 25.275 33.9 60