如何通過濃縮測試更正多個測試？

我運行富集測試以找到基於雙尾Fisher精確檢驗的一組樣本中以不同比率突變的基因樣本。如何通過濃縮測試更正多個測試？

因此，最後我有一個矩陣5x10的pvalues。

我不知道如何糾正這些多重檢驗。我應該通過基因還是通過羣集來糾正？

來源

2015-12-30 user1997740

如果你有SNP數據，使得所有的集羣都或多或少相同的p值那麼它是我的理解是，你應該從每個羣集隨機選擇一個p值，然後使用這些，當你從多個修正測試，然後使用該p值校正值校正整個羣集，如果羣集內存在較大差異，我認爲您應該通過基因進行校正。

來源

2015-12-30 08:42:38 jcr

非常感謝您的回答。事實上，pvalues在集羣內真的不同，所以我應該通過基因來糾正。你能分享一下你的直覺嗎？ – user1997740

我基地intuituion：1）如果你有50次測試，並使用所有的50次測試，你應該糾正50次測試，2）如果你只在組感興趣，你應該agregate組內的一切都變成1個測試（即平均在p價值，anova或更聰明的東西）。如果你想說在同一簇中的基因a和b都是重要的，那麼顯然你必須對a和b進行校正，即如果你有50次正面測試的可能性，那麼你顯然應該糾正50次測試...... – jcr

如何通過濃縮測試更正多個測試？

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