2012-10-19 108 views
-3

我想打開一個標識符列表並在另一個文件中查找匹配項。爲此,我使用grep作爲每個腳本的系統函數。但我不確定我哪裏錯了。你能幫我解釋一下語法嗎?感謝您的時間!在perl腳本中使用grep和管道輸出到不同的文件

open F, "$ARGV[0]" or die; 
while(<F>) 
{ 
    `grep -A1 "$_" CAM_PROJ_BATS.read.fa > $_.txt`; 
} 
+1

你看到你不期待看到什麼?你有什麼錯誤(如果有的話)? –

回答

2

如果您期待輸出,您將看不到任何,因爲您不打印任何東西。添加打印語句以查看輸出。 (您可能不需要查看輸出,但至少可以幫助您查看grep命令的錯誤)。

另外,輸入文件的行末尾會有換行符。你可能不想把它傳遞給grep。事實上,添加一個換行符可能會讓你的命令在shell上執行變得困難。使用chomp刪除換行符。 (未測試,因爲我沒有grep)。

+0

嘿,大家好,非常感謝你的幫助。印刷聲明做到了! – user1364517