根據輸入文件路徑的

我有一個包含在這個名稱格式不同的子目錄的文件名列表的txt文件列表寫入輸出到子目錄的位置中的文件通過文件名列表中的行併產生適當的輸出。根據輸入文件路徑的

我想要的是將具有不同名稱的文件的輸出保存在與文件名列表中提供的路徑對應的目錄中。

我寫的代碼指示（對於每個for迴路1）目錄中的從該腳本在命令行作爲這樣的」 shell$ python script.py inputfilelist.txt

運行所有的輸出這是我的腳本：

import sys 

with open(sys.argv[1]) as f: 
    for filename in f: 
     with open(filename.strip().strip("\n"),'a') as f1: 
      #print f1 
      output = [] 
      outfilename = filename.strip("\n").lstrip("./").replace("/", "__") + "out.txt" 
      #print outfilename 
      with open(outfilename, 'a') as outfile: 
       line = f1.readline() 
       while line and not line.startswith('GO-ID'): 
        line = f1.readline() 
       data = f1.readlines() 
       for line in data: 
        line = line.split("\t") 
        GOnr = line[0].lstrip("\s") 
        pvalue = line[1].strip() 
        corrpval = float(line[2].strip()) 
        if corrpval <= 0.05: 
         outstring = "GO:"+"%s %s" % (GOnr, str(corrpval)) 
         outfile.write(outstring + "\n") 
         #print outstring

我正在尋找最簡單的方法讓每個循環保存其在OUTFILE相同的文件名的輸入路徑的位置。

想我必須使用sys模塊，b ut閱讀python提供的解釋，我不太明白如何使用sys.stdinsys.stdout函數。

相反，我一直在試圖通過定義一個函數upfront來重新格式化文件列表中的輸入目錄，爲每個新的out.txt文件生成完整路徑。

def output_name(input_file): 
    file_line=inputfile.strip() 
    line_as_list=file_line.split("/") 
    line_as_list.append("out.txt")  # file name 
    line_as_list.remove(line_as_list[-2]) # remove file name of input file from path      description 
    full_output_name="/".join(line_as_list) #join to add leading and intermittent `/` 
    return full_output_name

當我交互運行這段代碼，它做什麼，它需要太多，如：outputname("./A_blurb/test.txt") == "./A_blurb/out.txt" 然而，當我在命令行中運行它，我得到這個消息：return full_output_name \n SyntaxError: 'return' outside function

我仔細檢查縮進但無法找到這個錯誤消息的原因是什麼.... 謝謝。

來源

2014-10-11 oaklander114

請告訴我們您的代碼。 – Alfe 2014-10-11 20:59:44

您的腳本將文件保存到從輸入路徑推導出的輸出路徑。

沒關係。您不應該嘗試同時讀取和重寫文件。這很複雜。創建另一個文件，然後移動它以覆蓋原始文件更容易。

嘗試os.rename()（或者shutil.move()，也在標準庫）：

# After closing the output file and the input file 
os.rename(temporary_output_path, input_path)

來源

2014-10-11 21:21:21 slezica

嗨，不太清楚，如果我明白。與您所說的相反，代碼將文件保存在我從中運行腳本的路徑中，而不是從輸入路徑中推演出的輸出目錄中。 – oaklander114 2014-10-11 21:25:58

我以爲您想重寫原始文件。如果你只是想將它們保存到一個相對路徑，可以嘗試使用'os.path.join（）'和該模塊中的其他函數。 – slezica 2014-10-11 21:27:43

在問題結束時的代碼實際上是工作的罰款。所以下面是我的問題的工作答案。

鑑於通過

string = """" 
./A_blurb/test.txt 
./B_foo/bar.txt 
./B_foo/bric.txt 
"""

下面的函數的文件循環的此列表生成相同的格式串的列表，但除去file.txt和添加out

def output_name(name_in): 
    file_line = name_in.strip() 
    line_as_list = file_line.split("/") 
    line_as_list.append("out.txt")  ## generate file name 
    line_as_list.remove(line_as_list[-2]) ## remove the file name 
    full_output_name="/".join(line_as_list) # join fields in the list with `/` 
    return full_output_name # return the re-formatted file path

這是輸出：

./A_blurb/out.txt 
./B_foo/out.txt 
./B_foo/out.txt

主要代碼然後遍歷這個列表並使用每行作爲open(outfilename, 'w')的名稱，結果是'out.txt'文件被寫入相應的目錄中，作爲輸入到腳本中的地方。

來源

2014-10-12 01:29:13 oaklander114

根據輸入文件路徑的

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