如何在DNA序列列表中找到k-mers的發生

Question

我想根據給定的k-mers列表掃描DNA序列列表;第k-mer的列表上的每個元素是一組相等的長度類似k聚體，它們看起來像

myKmer1 = C（ 「TATGGGTTT」， 「TAAGGGTTT」，...， 「CAAGGGTTT」）

...

myKmer10 = C（ 「GGATTCCAG」， 「CCATTCTTT」，......， 「CGATTCCTT」）

什麼軟件/ R-腳本可實現k聚體的名單出現每個序列 - 的結果應該是一個表如下所示：

k聚體發生表1：顯示的數k鏈節在序列

myKmer1 myKmer2 ... myKmer10

SEQ1 2 0 3

SEQ2 1 3 0

...

seq1000 0 1 0

k聚體發生表2：示出了在序列k鏈節的位置

myKmer1 myKmer2 ... myKmer10

SEQ1 111，888 0 123,456,3333

SEQ2 123 111223333 0

...

seq1000 0 1234 0

Answer 1

如果k鏈節那你正在尋找的長度是相同的，那麼你可以使用Jellyfish和dump子命令給你所有長度爲k的kmers的數量。然後你可以解析你的特定kmers的輸出。另見。