（R）軸寬度gbm.plot

Question

希望得到一些指針或某些經驗的洞察力，因爲我在字面上忽略了這一點，一直在嘗試2整天來設置正確的值以使函數吐出乾淨來自gbm.plot函數的簡單線圖（程序包dismo & gbm）。

這是我開始的地方。 bty = n在同等水平關閉方框&離開我只剩下&底部軸。 Gbm.plot通常會爲每個解釋變量吐出一個圖，因此通常有6個圖等，但我正在調整它，以便每個變量循環執行一個變量&。我已經刪除了很多其他代碼的循環&，所以很容易看到發生了什麼。

png(filename = "whatever.png",width=4*480, height=4*480, units="px", pointsize=80, bg="white", res = NA, family="", type="cairo-png") 
par(mar=c(2.6,2,0.4,0.5), fig=c(0,1,0.1,1), las=1, bty="n", mgp=c(1.6,0.5,0)) 
    gbm.plot(my_gbm_model, 
     n.plots=1, 
     plot.layout = c(1,1), 
     y.label = "", 
     write.title=F, 
     variable.no = 1, #this is part of the multiple plots thing, calls the explanatory variable 
     lwd=8, #this controls the width of the main result line ONLY 
     rug=F) 
dev.off() 

所以這是起始狀態是什麼樣子。目的：使軸&刻度較粗。而已。

把"lwd=20"寫入par什麼都不做。

將axes=F添加到gbm.plot()中將關閉軸和其號碼。所以我得出結論，這些軸的控制是由gbm.plot處理的，而不是par。這裏是令人沮喪和廢話的地方。從搜索接受的智慧說，lwd應該控制這一點，但它只能控制上面我注意到的擺動中心線。那麼也許我可以將axis(side=1, lwd=8)加入gbm.plot()？

它運行，但莫名其妙地增加了一個更流暢！ （這是非常薄的&很難在網上看到，但它在那裏，我保證）。它增加了這些警告：

In if (smooth & is.vector(predictors[[j]])) { ... : 
    the condition has length > 1 and only the first element will be used 

精細，R將是一個傢伙對看似毫無道理，我會繼續封堵泄漏，因爲他們來了。與軸之前和現在新的代碼平滑關閉：

png(filename = "whatever.png",width=4*480, height=4*480, units="px", pointsize=80, bg="white", res = NA, family="", type="cairo-png") 
    par(mar=c(2.6,2,0.4,0.5), fig=c(0,1,0.1,1), las=1, bty="n", mgp=c(1.6,0.5,0)) 
     gbm.plot(my_gbm_model, 
      n.plots=1, 
      plot.layout = c(1,1), 
      y.label = "", 
      write.title=F, 
      variable.no = 1, 
      lwd=8, 
      rug=F, 
      smooth=F, 
      axis(side=1,lwd=8)) 
    dev.off() 

給出錯誤：

Error in axis(side = 1, lwd = 8) : plot.new has not been called yet 

所以這顯然畫中plot軸，因爲我無法從par影響軸和我可以把他們在plot關閉。我可以做我想做的事情，並使一個軸粗體化，但這樣會產生更平滑的警告。我可以關閉平滑器，但之後失敗，因爲它說plot.new尚未被調用。這甚至不能解釋我必須處理的另一個軸，這也會導致plot.new失敗，如果我順序調用2軸並允許更平滑。

我在這裏是個大笑話的屁股，還是我錯過了一些明顯的東西？我花了足夠長的時間來計算出par應該是在所有的圖表之前，除非你用png等輸出它們，在這種情況下它必須在png之間& plot - 令人難以置信的是，這個信息不在?par。我知道我正在通過咆哮離開話題，對不起，但是，整整兩天。這是每個人在R中繪圖的經驗嗎？

我打算在冰箱裏打開伏特加。我很欣賞我沒有把完整的可重複代碼放在這裏，道歉，如果絕對必要，我可以做到，但它是一個巨大的時代來到可重現的舞臺，我希望有人可以看到一個基本的邏輯/編碼失敗尖叫在他們從我所給的。

謝謝你們。

編輯：重現 核心數據CSV：https://drive.google.com/file/d/0B6LsdZetdypkWnBJVDJ5U3l4UFU （我試過做這些之前，可重複的數據，我不能工作，如何做到這一點） 樣品< -read.csv（「data.csv」 ，header = TRUE，row.names = NULL） my_gbm_model < -gbm.step（data = samples，gbm.x = 1：6，gbm.y = 7，family =「bernoulli」，tree.complexity = 2，學習.rate = 0.01，bag.fraction = 0.5））

Answer 1

這裏是會擴大你的軸蜱：

..... , lwd.ticks=4 , ... 

我預測基於沒有測試，因爲我不斷收到您提供的有限代碼的錯誤），它會在gbm.plot或後續的軸調用中正確處理。有將需要後續axis電話，其實他們兩個人（因爲你注意到「LWD」被傳遞到處亂）：

png(filename = "whatever.png",width=4*480, height=4*480, units="px", pointsize=80, bg="white", res = NA, family="", type="cairo-png") 
    par(mar=c(2.6,2,0.4,0.5), fig=c(0,1,0.1,1), las=1, bty="n", mgp=c(1.6,0.5,0)) 
     gbm.plot(my_gbm_model, 
      n.plots=1, 
      plot.layout = c(1,1), 
      y.label = "", 
      write.title=F, 
      variable.no = 1, 
      lwd=8, 
      rug=F, 
      smooth=F, axes="F", 
      axis(side=1,lwd=8)) 

     axis(1, lwd.ticks=4, lwd=4) 
      # the only way to prevent `lwd` from also affecting plot line 
     axis(2, lwd.ticks=4, lwd=4) 
    dev.off() 

這是我用一個簡單的例子，請參閱：

png(); Speed <- cars$speed 
Distance <- cars$dist 
plot(Speed, Distance, 
    panel.first = lines(stats::lowess(Speed, Distance), lty = "dashed"), 
    pch = 0, cex = 1.2, col = "blue", axes=FALSE) 
axis(1, lwd.ticks=4, lwd=4) 
     axis(2, lwd.ticks=4, lwd=4) 
dev.off()