Perl while while循環不起作用

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如果在前面的討論中已經回答了這個問題，我對perl很抱歉並且道歉。我有一個需要使用循環外聲明的變量的腳本，但只有一個迴路工作，儘管我已經聲明在循環外部變量，代碼：Perl while while循環不起作用

my $sample; 
open(IN, 'ls /*_R1_*.gz |'); 
while (my $sample = <IN>) { 
    chomp $sample; 
    print "sample = $sample\n"; 
    my $fastq1="${sample}"; #need to use fastq1 later on hence it's declared here 

    my $sample2; 
    open(IN, 'ls /*_R2_*.gz |'); 
    while (my $sample2 = <IN>) { 
     chomp $sample2; 
     print "sample2 = $sample2\n"; 
     my $fastq2="${sample2}"; #need to use fastq2 later on hence it's declared here 
    } 
}

樣本2的作品，但SAMPLE1呢不，只有第一個樣本輸出，然後循環進至SAMPLE2，輸出爲：

sample =/sample1_R1_001.fastq.gz 
sample2 =/sample1_R2_001.fastq.gz 
sample2 =/sample2_R2_001.fastq.gz 
sample2 =/sample3_R2_001.fastq.gz

等。

任何人都可以想出解決辦法？

感謝

來源

2013-02-19 Vanisha Mistry

您的預期產量是多少？ – darch 2013-02-19 16:40:23

您關閉也先while循環第二次結束後循環。因此，您的第二個while循環成爲第一個while循環的一部分，其中，您將文件處理程序-IN重新分配給另一個文件。而且，由於你在內部while循環中耗盡了它，所以你的outer while循環不會再次運行。

你應該開始下一個，而之前關閉括號：

while(my $sample = <IN>){ 
    chomp $sample; 
    print "sample = $sample\n"; 
    my $fastq1="${sample}"; 
} # You need this 

my $sample2; 
open(IN, 'ls /data_n2/vmistry/Fluidigm_Exome/300bp_fastq/*_R2_*.gz |'); 
while(my $sample2 = <IN>){ 
    chomp $sample2; 
    print "sample2 = $sample2\n"; 
    my $fastq2="${sample2}"; 

} 
# } # Remove this

來源

2013-02-19 16:36:33

是的，我已經嘗試過，它確實有效，但$ fastq1和$ fastq2變量稍後不會處理： – 2013-02-19 16:44:58

從您的意見，我認爲你的問題可能是，你聲明$fastq1和$fastq2內循環。這意味着它們將超出循環範圍，並且無法訪問。你需要類似的東西：

my ($fastq1, $fastq2); 
while (...) { 
    .... 
    $fastq1 = $sample; 
}

請注意，這隻會保存該變量循環中的最後一個值。其他人當然會覆蓋每個循環迭代。如果您有更多值要保存，請使用數組或散列。

關於您的代碼的一些其他說明。

你應該總是使用

use strict; 
use warnings;

不這樣做是一個非常糟糕的主意，因爲它只會隱藏的錯誤和警告，不解決這些問題。

my $sample;

你聲明這個變量的兩倍。

open(IN, 'ls /*_R1_*.gz |');

這僅僅是壞在所有可能的層面：

系統調用總是最不理想的選擇，除非不存在替代
Perl有讀取文件的許多方式名稱
解析ls的輸出很脆弱而且不便攜
通過打開打開系統命令的結果將使用此方法複合其他缺陷。

建議的解決辦法：使用任何執行opendir + readdir的或水珠：

for my $files (</*_R1_*.gz>) { ... } 
# or 
opendir my $dh, "/" or die $!; 
while (my file = readdir $dh) { 
    next unless $file =~ /_R1_.*\.gz$/; 
    ... 
}

my $fastq1 = "${sample}";

你不需要引用變量。也不使用支撐花括號。
當在循環內聲明變量my時，它只保留其值爲單循環迭代的值。既然你從不使用這個變量，我假設你打算在循環之外使用它。但它會超出範圍。

這可以寫成

my $fastq1 = $sample;

但你可能要聲明你的while循環之外的變量，否則將超出範圍存在。當然，你應該知道這隻會保存這些變量的最後一個值。

另外，正如Rohit所說，你的循環是嵌套的，我認爲這不是你想要的。這很可能是因爲你沒有使用正確的文本編輯器來編寫代碼，所以你的縮進全部搞砸了，很難看到一個循環結束的地方。按照Rohit的建議。

來源

2013-02-19 17:00:07 TLP

Perl while while循環不起作用

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