爲每組文件重複命令

我正在使用名爲ObiTools的程序中的DNA序列數據。我想找到一種方法來爲同一文件夾內的每一組文件重複一個命令。爲每組文件重複命令

例如，如果我有文件

Sequence_A1_R1.fastq, 
Sequence_A1_R2.fastq, 
Sequence_A2_R1.fastq, 
Sequence_A2_R2.fastq, 
etc.

我想爲X的每個值，使得X始終是相同的值（沒有不同值的組合）運行下面的命令。

illuminapairedend Sequence_X_R1.fastq Sequence_X_R2.fastq> Sequence_X_pairedend.fastq

是否有一個Python腳本，可以很容易地做到這一點？

感謝

來源

2016-03-02 Vanessa Mata

請使用代碼塊代替引號塊。另外，請提供一個具體示例，說明將爲您的一組具體示例文件運行的命令。 – Kupiakos

這是命令行的東西嗎？如果是windows，你可以嘗試用[shell]或[bash]或[batch]來標記你的問題。在這樣的文件上「運行命令」在這個級別上會更容易。 –

假設你的文件在file_list中和早期Python代碼已經俘虜，你可以做這樣的事情：

在範圍file_pos（0，LEN（file_list中），2）：命令= 「illuminapairedend」 + file_list中[file_pos] + file_list中[file_pos + 1] + 「> Sequence_X_pairedend.fastq」使用os.system（命令）

這個最後的命令徹底here

覆蓋這是最好只有當你獲得Python中的文件列表。如果文件列表來自其他地方，那麼在命令shell中編寫腳本幾乎肯定會更好：例如，bash。

來源

2016-03-02 23:35:31 Prune

爲每組文件重複命令

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